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Henri II, roi de 1547 à 1559, va poursuivre les réformes entreprises par François Ier : il met en place des ministères, crée la fonction de secrétaire d'État, institue les intendants qui vont représenter la monarchie dans les domaines de la justice, la police et les finances, sur l'ensemble du royaume. Sous son règne, les progrès de la constructionconstruction monarchique commencent à diviser les adeptes du pouvoir royal absolu et ceux qui souhaitent une intervention des États généraux et des Parlements dans une monarchie partagée.
La période 1559-1594 peut être considérée comme dangereuse pour la monarchie française : la faiblesse de l'autorité royale (minorité des rois François II et Charles IX, régence de Catherine de Médicis) est accentuée par trois décennies de violents conflits religieux entre catholiques et protestants. Après l'assassinat du roi Henri III en 1589, Henri IVHenri IV va lutter pour restaurer l'unité du royaume : pour lui, l'État absolu doit être le garant de l'intérêt commun.
En mars 1563 s'achève la première guerre civile entre catholiques et protestants (il y a en aura sept autres) ; pour la régente Catherine de Médicis et le chancelier Michel de L'Hospital, il est impératif de rétablir l'autorité royale fragilisée par les troubles religieux. La majorité de Charles IX est décrétée à ses treize ans révolus (septembre 1563) et le roi entreprend avec sa mère et la Cour, « le tour de France royal », qui permet au monarque de réaffirmer son autorité en rappelant à tous les sujets leur devoir d'obéissance. C'est le plus long voyage entrepris par un roi de France (de février 1564 à mai 1566) et c'est un instrument essentiel du gouvernement monarchique : un lien direct s'établit entre le roi et le territoire du royaume ; le souverain manifeste aux yeuxyeux de tous la majesté de son pouvoir en exercice.
L'internationalisation et la politisation du conflit religieux français vont fragiliser les fondements du pouvoir monarchique, en provoquant après la Saint-Barthélemy (août 1572) et la cinquième guerre civile (1574-1576), un véritable plaidoyer pour une souveraineté partagée entre le roi, le Conseil élargi aux membres de la haute noblesse et les États généraux. Ce concept de monarchie mixte s'oppose à celui de monarchie absolue défendue par des juristes comme Jean Bodin qui publie sa doctrine de la souveraineté en 1576. Il soutient que les États généraux doivent se cantonner à un rôle consultatif et que la souveraineté partagée constitue un danger pour l'obéissance due au roi. Et de conclure que le souverain seul fait la loi, cela lui permet d'imposer sa volonté dans tous les domaines.
Henri III, un roi mal aimé
Depuis la mort de Charles IX en mai 1574, Henri III tente de reprendre le royaume en main, en se déclarant « prince souverain non assujetti aux États ». Henri III sait s'entourer de conseillers compétents et va abondamment légiférer durant son règne. Un recueil de toutes les ordonnances françaises est publié en 1587, c'est le Code Henri III.
La période qui suit la Saint-Barthélemy voit naître une organisation des villes protestantes du sud du royaume en « Provinces-Unies du Midi », véritable contre-pouvoir de la monarchie : Henri de Bourbon (futur Henri IV) est désigné comme protecteur de cette entité politique. Par réaction à la « faiblesse » du pouvoir royal qui a rétabli les droits des protestants, avec la signature de la Paix de Beaulieu en mai 1576, les premières ligues ultra-catholiques apparaissent dans les principales villes du nord. La création de la Sainte Ligue en 1584, dont le but principal est d'empêcher l'arrivée du prince protestant Henri de Bourbon sur le trône de France, va enclencher un mouvement ligueur qui s'étend à tout le royaume. Il est soutenu par l'Espagne de Philippe II et la puissante famille de Guise, donc très dangereux pour la monarchie. Henri III convoque les États généraux (assemblée des trois ordres : noblesse, clergé, tiers-état) à Blois en octobre 1588 : l'assemblée, sous l'influence des Guise, décrète que les décisions prises unanimement par les trois ordres deviennent des lois fondamentales ! Les 23 et 24 décembre 1588, Henri III fait assassiner le duc et le cardinal de Guise. Après ce double évènement, le roi est considéré comme un tyran exposé à la théorie du régicide émise par les Jésuites : il est assassiné le Ier août 1589.
Henri IV ou le triomphe de la raison d’État
Lorsque Henri IV devient roi de France en 1589, il est encore protestant donc en contradiction avec l'une des trois lois fondamentales du royaume qui exige la catholicité du souverain. La conversion d'Henri IV est la première étape de la réconciliation entre le roi et ses sujets, dans un royaume divisé en partis politiques et religieux rivaux. De nombreux historienshistoriens s'accordent sur le fait que l'abjuration du roi en juillet 1593, représente un acte fondateur de la reconstruction de la monarchie. L'étape suivante est celle du sacre (rendu possible par l'abjuration) qui a lieu à Chartres en février 1594 : le roi accède ainsi par cette cérémonie, à la « plénitude de la dignité monarchique ». En septembre 1595, Henri IV reçoit enfin l'absolution du pape : c'est la réconciliation entre le roi et l'Église catholique.
La raison d'État triomphe avec l'unité du royaume retrouvée et elle se concrétise dans la signature de l'édit de Nantes, le 30 avril 1598. Conclu après deux années de négociations difficiles, cet édit de tolérance accorde notamment des droits civils et politiques aux protestants ; il affirme la liberté de conscience pour tous mais privilégie cependant l'Église catholique. Par ce texte, l'État absolu incarné par le roi, contrôle la religion et devient le garant de l'intérêt général. L’édit de Nantes est le premier texte à distinguer le citoyen qui obéit à la loi du roi et le croyant qui est libre de son choix religieux privé.
Henri IV est qualifié de « restaurateur de la monarchie » : une nouvelle conception de l'autorité royale défendue par le juriste Jean Bodin (fin XVIe siècle), présente le roi légitime comme seul détenteur de la souveraineté et du monopole de la loi. Le couronnement d'Henri IV coïncide avec le retour de la paix dans le royaume et la naissance d'un sentiment patriotique attaché à sa personne. Les partisans d'Henri IV défendent le gallicanisme royal : le monarque règne seul sur son royaume et sur l'Église de France, il n'admet pas d'empiétement du pape sur son autorité.
