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Toutes les données scientifiques, y compris celles provenant de l'atterrisseur, seront stockées sur l'orbiteur qui les transmettra à la Terre dès qu'il sera en contact avec une station sol. L'ESA a installé une nouvelle antenne pour l'espace lointain à New Norcia, près de Perth, en Australie occidentale, pour assurer l'essentiel des communications entre la sonde et le Centre de contrôle de la mission situé à l'ESOC, à Darmstadt (Allemagne). Cette antenne parabolique de 35 mètres de diamètre permet de recevoir des signaux radio émis à des distances supérieures à un million de kilomètres de la Terre. Les ondes radio, qui voyagent à la vitesse de la lumière, mettront une cinquantaine de minutes pour couvrir la distance séparant la sonde de la Terre.
Le Centre des opérations scientifiques de RosettaRosetta, qui est chargé de la collecte et de la diffusion des données scientifiques, sera implanté sur deux sites : l'ESOC et l'ESTEC (Noordwijk, Pays-Bas). Le Centre de contrôle de l'atterrisseur se trouvera au DLRDLR, à Cologne (Allemagne) et le Centre des activités scientifiques de l'atterrisseur au CNESCNES, à Toulouse (France).