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Toutes ces maisons de Zeugma paraissent avoir été détruites vers le milieu du IIIe siècle après J.-C. par un raid des Sassanides. Ensuite, la plupart des terrassesterrasses inférieures du site semblent avoir été à peu près définitivement abandonnées.
Étant donné le climatclimat très rude de cette région, cet habitat a donc été très rapidement recouvert et « scellé » par les colluvions, ce qui nous a permis de retrouver toutes ces richesses dans un état de conservation le plus souvent exceptionnel. La ville n'a pas disparu pour autant, mais elle paraît avoir totalement changé d'aspect. Elle retrouve une certaine richesse à l'époque protobyzantine (Ve-VIIe s.), mais elle semble constituée dorénavant de différents quartiers ou hameaux séparés les uns des autres par de vastes zones vides de toute occupation. Il se pourrait cependant que la partie haute de la ville, qui n'a quasiment jamais été fouillée jusqu'à présent, soit densément occupée à cette période.
En effet, les résultats que nous présentons ici doivent être considérés comme provisoires : jusqu'à la mise en eau du barrage à l'automneautomne 2000, nous n'avons fouillé que la partie basse du site, qui devait seule disparaître sous les eaux du lac de réservoir. Mais il faut savoir qu'elle ne représente qu'environ un tiers du site.
Une région à l'égal de l'Occident
En revanche, à partir de 2004, nous avons pu reprendre les fouilles et commencer à étudier la partie haute du site, en mettant au jour en particulier le théâtre. Il apparaît d'ores et déjà que l'exploration de cette zone sera, d'un point de vue urbanistique, très intéressante puisqu'elle permettra de compléter l'histoire de l'évolution de la ville.
Les fouilles de Zeugma ont donc permis de mettre en lumière la richesse et aussi l'originalité de la civilisation romaine dans cette partie orientale de l'Empire pour laquelle, jusqu'à présent, les données matérielles manquaient cruellement, faute de fouilles. Elles montrent combien cette région frontalière peut briller, à l'égal de l'Occident, par le raffinement de son cadre de vie, l'adresse et la créativité de ses artistes.