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Complexe de molécules formant une cage enfermant une molécule hôte (des clathrates sans molécule hôte ont toutefois été synthétisés). Le mot vient du grec klathron, signifiant clos.
Le clathrate le plus connu est l'hydrate de méthane, ce dernier étant la molécule hôte. Cette « glace qui brûle » (quand elle dégage son méthane inflammable) n'est stable qu'à pressionpression élevée. On en trouve des stocks profondément enfouis dans le sous-sol, notamment sous le fond des océans.