Les progrès en matière d’hygiène et de santé ont permis, au cours du XXe siècle, de faire reculer de nombreuses maladies infectieuses, bactériennes, parasitaires ou virales, voire d’en éradiquer certaines, comme la variole en 1979, suite aux campagnes de vaccination. Et pourtant, malgré ces progrès, de nouvelles maladies apparaissent encore, ou bien des maladies anciennes ressurgissent. D’où viennent – ou reviennent – les agents pathogènes à l’origine de telles infections ?
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Si les noms de Zika, Chikungunya, Ebola, Nipah vous sont familiers, c'est que les virus dont ils sont responsables ont été - ou sont encore - à l'origine d'épidémies en différents endroits de la planète, voire sur la planète entière (pandémie).
Certains de ces virus et l'infection qu'ils provoquent étaient déjà connus par le passé, mais sont soit réapparus après une longue absence, soit apparus dans des régions où ils ne sévissaient pas, d'où le terme de maladies anciennes réémergentes. Tel est le cas du virus Chikungunya : connu depuis le début des années 1950 en Afrique. Il a contaminé les populations de l'océan Indien en 2004-2005, puis celles des Caraïbes et du continent américain en 2013, pour atteindre l'Océanie en 2014. Le coronavirus, responsable du SRAS (syndrome respiratoire aigu sévèresyndrome respiratoire aigu sévère), fait qualifier d'émergente cette maladie car le virus était inconnu chez l'espèceespèce humaine avant 2002-2003 (Vietnam, Chine). L'émergenceémergence qualifie donc l'apparition d'un nouveau pathogène dans un hôte donné, ici l'Homme.
Mais d’où viennent ces virus et comment atteignent-ils l’Homme ?
Ces virus viennent toutefois bien de quelque part ! Avant de passer à l'Homme, ils infectent la plupart du temps une ou plusieurs espèces animales, qui constituent le réservoir naturel de ce virus, l'animal pouvant être porteur asymptomatique. Lorsqu'une maladie émergente apparaît, c'est qu'un agent pathogène est d'une part entré en contact avec le nouvel hôte et d'autre part qu'il a réussi à franchir ce que l'on appelle la barrière d’espèce; il est devenu capable de se multiplier chez son nouvel hôte et de se propager au sein de cette nouvelle population.
Ainsi le VIH-1, responsable du SidaSida, est passé du singe à l'Homme et le virus Ebola (à l'origine de la fièvrefièvre hémorragique éponyme et au taux de mortalité estimé à 70 % en Afrique de l'ouest) a pour réservoir des chauves-sourischauves-souris, le singe pouvant être un hôte intermédiaire.
Le premier élément clé de l'émergence est donc le rapprochement de l'humain avec des espèces animales, réservoirs de virus, desquelles il était préalablement séparé. La déforestationdéforestation, par la destruction de leur habitat naturel, amène au contact de l'Homme des espèces qui habituellement s'en trouvent éloignées ; des périodes de famine peuvent aussi amener des individus, pour survivre, à chasser des proies inhabituelles, des petits rongeursrongeurs par exemple, qui sont le réservoir de virus tels que le virus Sabia, Chapare, Guanarito. Ce dernier, responsable de la fièvre hémorragique vénézuélienne, peut être transmis par simple inhalationinhalation de poussières contaminées par les selles ou l'urine d'un animal infectieux ! Le réchauffement climatiqueréchauffement climatique, les voies de communication entre pays éloignés peuvent amener des espèces d'insectesinsectes hématophages, vecteurs de maladies comme la denguedengue ou Chikungunya, à coloniser de nouveaux environnements.
Le second élément clé dans l'émergence réside dans la capacité qu'a eu le virus d'infecter une cellule du nouvel hôte et de s'y répliquer. La plasticitéplasticité du génomegénome viral, due à des phénomènes de mutations, recombinaisonsrecombinaisons ou réassortiments de gènesgènes (venant de deux souches d'un même virus infectant un même hôte), peut mener à l'apparition d'un nouveau variant génétiquegénétique se répliquant efficacement chez son nouvel hôte et se transmettant aussi plus facilement entre les individus. Ainsi, le virus s'est adapté à son nouvel hôte, pouvant devenir plus virulent et contagieuxcontagieux. L'homme devient ainsi un nouveau réservoir pour ce variant.
Une telle succession d'évènements menant à l'adaptation efficace d'un virus à un nouvel hôte est un phénomène naturel mais rare (et certains virus ne sont pas soumis à ce phénomène d'adaptation) ; sa probabilité augmente toutefois avec les modifications des écosystèmes dont l'Homme est responsable (déforestation, rassemblements humains, mondialisation des échanges, tourisme...).
