Identifier l'origine d'une infection peut ne pas être impératif pour les affections courantes ou mineures. Cependant, lorsque les symptômes ne permettent pas un diagnostic différentiel précis, mettant potentiellement en jeu la vie du patient, cette étape devient essentielle. La période requise pour cette identification varie considérablement, allant de quelques minutes à plusieurs jours.
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Les médecins, notamment de ville, prescrivent pour les infections courantes une antibiothérapie dite probabiliste, sans identification formelle de l'agent responsable ; toutefois, en milieu hospitalier notamment, un traitement dit documenté est le plus souvent mis en œuvre, ce qui nécessite d'identifier le micro-organisme responsable de l'infection, parfois le plus rapidement possible pour sauver le patient d'une septicémie par exemple.
Les différentes méthodes d’identification de l’agent pathogène
La duréedurée nécessaire à l'identification de l'agent pathogène (bactérie, virus, mycètesmycètes, protozoaire...) dépend de la méthode mise en jeu. On peut en effet :
- rechercher le micro-organisme dans un prélèvement (techniques microscopiques avec immunofluorescence, biologie moléculairebiologie moléculaire - biopuces à ADN, PCRPCR) ;
- le cultiver in vitroin vitro (techniques microbiologiques) ;
- ou encore, rechercher une trace de son passage dans l'organisme, sa signature étant représentée par l'apparition d'anticorpsanticorps spécifiques (techniques sérologiques).
Quelques minutes suffisent avec les méthodes immunochromatographiques actuelles, pour identifier, par exemple, un type de virus influenza (responsable de la grippe) ; un prélèvement nasal effectué chez le patient est mis en contact avec un support contenant des anticorps spécifiques d'un type de virus. La migration (chromatographiechromatographie) de cet assemblage anticorps/virus est visualisée dans les minutes qui suivent (principe identique à celui des tests de grossessetests de grossesse) et renseigne alors un résultat positif.
Une minute pour comprendre... l’immunochromatographie. © Sébastien Droguet
Extrêmement rapide (20 mn si l'on dispose d'une colonie bactérienne isolée), la récente technique de spectrométrie de massespectrométrie de masse dite Maldi-Tof permet d'identifier une bactérie ainsi que son profil d'antibiorésistanceantibiorésistance. Toutefois, celle-ci s'avère parfois incapable de discerner deux bactéries apparentées et une recherche par les techniques microbiologiques classiques s'impose alors.
En moins de deux heures, les méthodes immunoenzymatiques, comme la méthode Elisa, permettent de détecter, soit la présence d'un antigèneantigène microbien, soit la présence d'anticorps spécifiques produits par l'organisme. La formation du complexe antigène/anticorps est révélée par l'action d'une enzymeenzyme laquelle présente une coloration d'autant plus intense que l'élément recherché (antigène ou anticorps) est en grande concentration.
Les méthodes de microbiologie classiques
Plus longues (18 à 24 heures, parfois 48 à 96 heures), les méthodes de microbiologie classiques consistent à mettre en culture, sur un milieu adapté, la bactérie à identifier. Une série de tests biochimiques, destinés à mettre en évidence la présence ou l'absence d'enzymes bactériennes, permet également d'obtenir un profil phénotypique (ensemble de caractères) qui est ensuite comparé à une base de donnéesbase de données.
Quand et comment se faire dépister d'une IST ?
Le dépistagedépistage des infections sexuellement transmissiblesinfections sexuellement transmissibles (IST) est crucial pour la santé sexuelle et le bien-être général. Idéalement, tout individu sexuellement actif devrait envisager de se faire dépister régulièrement, surtout s'il a eu des rapports sexuels non protégés ou s'il change fréquemment de partenaires. Les recommandations spécifiques varient en fonction des facteurs de risquefacteurs de risque et des directives locales de santé publique, mais en général, un dépistage annuel est recommandé pour les personnes sexuellement actives, même en l'absence de symptômessymptômes.
Les méthodes de dépistage des IST peuvent inclure des tests sanguins, des prélèvements d'urine, des écouvillonnages de la gorge ou des prélèvements génitaux, selon le type d'infection suspectée. Les tests peuvent être réalisés dans les cliniques de santé sexuelle, les cabinets médicaux, les centres de planning familial ou les centres de dépistage spécifiques aux IST.
