Microbiote : qu'est-ce que c'est ?

Le microbiote correspond à l'ensemble des micro-organismes peuplant un microbiome. Le microbiote humain comprend les bactéries, virus, champignonschampignons (levureslevures), archées et autres micro-organismes, présents sur ou dans le corps humain : 

• sur la peau : le microbiote cutanécutané, qui se nourrit de sébum et de cellules mortes. Le microbiote cutané compterait environ un million de bactéries par centimètres carrés de peau. La bactérie de la peau Propionibacterium acnes est impliquée dans l'acnéacné ;
• dans la bouche : le microbiote bucco-dentaire ;
• dans les voies respiratoires : le microbiote pulmonaire ;
• au niveau des organes génitaux : le microbiote vaginal, avec de nombreux lactobacilles favorisant l'acidité du vaginvagin ;
• dans le tube digestiftube digestif : le microbiote intestinal.

L'équilibre de ces écosystèmesécosystèmes peut être altéré par la prise d'antibiotiquesantibiotiques, par un bain de bouche antibactérien, par des savons... Ainsi, la destruction de bactéries du microbiote peut favoriser la prolifération de la levure Candida, responsable de mycoses. Beaucoup de micro-organismes du microbiote sont méconnus car difficiles à cultiver en laboratoire, d'où l'utilisation de la génomiquegénomique pour identifier ces espècesespèces. Le microbiote intestinal a été particulièrement étudié en raison du grand nombre de bactéries présentes et de leurs rôles dans de nombreuses fonctions et pathologiespathologies.

Le microbiote intestinal humain

Le microbiote intestinal humain compte environ 100.000 milliards de micro-organismes, soit un poids de l'ordre de 1,5 kilogrammekilogramme chez un adulte. Ce microbiote qui est le plus important du corps en nombre de micro-organismes est impliqué dans :

• la digestiondigestion : les bactéries du microbiote peuvent réaliser la fermentationfermentation d'aliments non-digestibles, fabriquer des vitaminesvitamines, digérer des fibres... ;
• l'immunitéimmunité : les bactéries de la flore intestinaleflore intestinale participent à la fonction barrière de l'intestin en empêchant la colonisation par des espèces pathogènespathogènes, le microbiote intestinal participe aussi à la maturation du système immunitairesystème immunitaire de l'individu ;
• certaines pathologies : un déséquilibre du microbiote intestinal est associé des maladies, comme les maladies inflammatoires de l'intestin (maladie de Crohn), mais aussi le diabètediabète.