La chauve-souris et le pangolin sont les deux animaux soupçonnés d'héberger des coronavirus proches du SARS-CoV-2. Une nouvelle étude a montré que le SARS-CoV-2 possède à la fois des gènes de coronavirus de chauve-souris et de pangolin.
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Depuis le début de l'épidémie de Covid-19, une question qui peut paraître simple donne du fil à retordre à la communauté scientifique. D'où vient le coronavirus responsable de la maladie, le SARS-CoV-2 ? L'origine animale du virus ne fait aucun doute, mais quelles espècesespèces ont hébergé un virus parent du SARS-CoV-2 ? La chauve-sourischauve-souris et le pangolinpangolin sont au cœur de cette enquête génétiquegénétique. Et si plutôt que de choisir entre les deux, ils avaient tous les deux joué un rôle dans l'émergenceémergence du SARS-CoV-2 ?
C'est la conclusion d'une étude parue dans Science Advances qui a comparé des génomes de coronavirus de chauves-souris et de pangolins disponibles sur les bases de donnéesbases de données publiques avec ceux des trois coronavirus : SARS-CoV, SARS-CoV-2 et le MERS-CoVMERS-CoV. Selon celle-ci, le virus du SARS-CoV-2 est une mosaïque de plusieurs coronavirus de chauves-souris et de pangolins, et serait issu de plusieurs évènements de recombinaisonrecombinaison.
La recombinaison virale
La recombinaison génétique est un mécanisme biologique clé durant lequel deux brins d'ADNADN mélangent leur information génétique pour former un brin-fils qui possède des caractéristiques de chaque brin parental. C'est grâce à ce phénomène qu'on peut posséder la même couleurcouleur d'yeuxyeux que sa mère et la même couleur de cheveux que son père.
Chez les virus, le phénomène de recombinaison génétique existe aussi, même quand leur matériel génétiquematériel génétique n'est pas de l'ADN. Le SARS-CoV-2 possède un génome à ARNARN, comme les virus de la grippevirus de la grippe. Le génome des virus du genre InfluenzaInfluenza est composé de plusieurs fragments d'ARN qui peuvent se recombiner pour former une nouvelle souche, lorsqu'ils se rencontrent dans une même cellule. Chez les coronavirus, le génome est constitué d'une seule moléculemolécule d'ARN, ce qui ne l'empêche pas de se recombiner avec d'autres coronavirus similaires. Ce phénomène a aussi été décrit pour le SARS-CoV et le MERS-CoV.
De la chauve-souris et du pangolin dans le SARS-CoV-2
Ces recombinaisons compliquent le travail des chercheurs sur l'origine du virus. Pour essayer d'y voir plus clair, les scientifiques ont comparé 43 génomes complets divisés en trois groupes : les coronavirus humains, les coronavirus de chauves-souris et enfin, les coronavirus de pangolins.
Le premier résultat de cette analyse bio-informatique confirme ce qui avait été fait précédemment : le coronavirus de chauves-souris RaTG13 est le plus proche du SARS-CoV-2, quand on le regarde dans sa globalité.
Néanmoins, quand on zoome un peu plus sur la séquence, il existe des variations. La région ORF1a du génome, qui fait environ 350 paires de base, est plus proche des coronavirus de chauves-souris ZXC21 et ZC45 que de RaTG13. Mais, un peu plus loin dans la séquence génomiquegénomique, la région 2 qui code pour le domaine de liaison au récepteur ACE 2 porté par la protéineprotéine S, est plus proche du coronavirus isolé d'un pangolin de Guangdong que de n'importe quel coronavirus de chauves-souris analysé.
Une histoire de recombinaisons
Ces différences phylogénétiquesphylogénétiques témoignent d'une histoire de recombinaison entre des virus de pangolins et de chauves-souris qui a abouti à l'émergence du SARS-CoV-2. Les scientifiques ont identifié une zone très précise dans le génome qui semble être le théâtre d'une recombinaison. Elle se situe en aval ou en amont du domaine de liaison au récepteur de la protéine S, celui-là même qui confère au virus sa capacité à infecter les cellules humaines.
Il est donc plausible d'imaginer qu'un coronavirus de chauves-souris, RaTG13, qui reste le plus proche malgré quelques zones de divergencezones de divergence, se soit recombiné avec un coronavirus de pangolins auquel il a pris le domaine de liaison au récepteur. Cet évènement de recombinaison, peut-être pas unique dans l'histoire génétique du SARS-CoV-2, a contribué à son émergence.
Alors qui de la chauve-souris ou du pangolin est à l'origine de SARS-CoV-2 ? La réponse semble être les deux. Reste à comprendre comment ces deux espèces bien différentes ont pu se côtoyer pour permettre cette recombinaison. La réponse se trouve peut-être du côté du fameux marché exotiqueexotique de Wuhan.
Le pangolin est source de coronavirus proches du SARS-CoV-2
Article publié le 4 avril 2020 par Julie KernJulie Kern
Le pangolin est considéré comme un élément déterminant dans l'émergence du Covid-19 mais les preuves manquent encore. Un article publié dans Nature a analysé les coronavirus présents dans des échantillons de pangolins. Certains d'entre eux se révèlent très proches du SARS-CoV-2 qui infecte désormais plus de 500.000 personnes aux quatre coins de la Planète.
L'enquête sur les origines animales du SARS-CoV-2, agent étiologique du Covid-19, est toujours d'actualité. Les chauves-souris, notamment l'espèce Rhinolophus affinis, et le pangolin sont les deux seules espèces animales hébergeant des coronavirus très proches du SARS-CoV-2. Si la chauve-souris est l'origine la plus probable du virus, bien qu'aucune preuve formelle n'existe, le rôle du pangolin dans la chaîne de transmission reste à déterminer.
Une étude, dont la publication a été accélérée dans Nature, analyse la composition du viromevirome dans plusieurs échantillons de pangolins saisis lors d'opérations anti-braconnage. Malgré son statut d'espèce protégée, le pangolin est le mammifèremammifère qui souffre le plus du commerce illégal. Sa chair est consommée en Asie et ses écailles sont utilisées en médecine chinoise.
Les pangolins hébergent des coronavirus proches du SARS-CoV-2
L'analyse génétique des échantillons de pangolins ont permis d'identifier six souches de coronavirus qui appartiennent toutes au même groupe phylogénétique que le SARS-CoV-2, les béta-coronavirus. Au niveau génomique, les gènesgènes des six souches de pangolins sont organisés de la même façon que ceux du SARS-CoV-2.
Ces six virus possèdent entre 85,5 % et 92,4 % de similarité de séquence avec le coronavirus humain. Ils se divisent en deux branches phylogénétiques dans l'arbrearbre d'évolution des coronavirus, dont une particulièrement proche du SARS-CoV-2. Une souche, appelée GDP2S, appartenant à cette branche a été isolée des écailles d'un pangolin provenant de Guangdong. Les scientifiques n'ont réussi qu'à reconstruire une partie du génome de GDP2S, mais le fragment obtenu est identique à 75 % au SARS-CoV-2.
Du côté des protéines, la protéine virale qui reconnait le récepteur cellulaire est similaire à 97,4 % entre les coronavirus de pangolin et le SARS-CoV-2. Mais deux hypothèses peuvent expliquer cette similarité : la recombinaison génétique ou la convergence évolutiveconvergence évolutive. Les données disponibles ne permettent pas encore de trancher.
En conclusion, le pangolin est une source naturelle de coronavirus mais son rôle dans l'émergence de l'épidémie de Covid-19 reste toujours incertain. Dans tous les cas, le trafic et la consommation d'animaux exotiques comme le pangolin favorisent l'émergence de zoonose et leur présence dans les marchés devrait être prohibée.
Coronavirus : le mystère de ses origines animales s'épaissit
Article publié le 8 mars 2020mars 2020 par Julie Kern
Alors que l'épidémie de Covid-19 est présente sur tous les continents, les scientifiques cherchent encore l'espèce à l'origine de la transmission humaine du coronavirus Sars-CoV-2. Une enquête indispensable pour comprendre l'émergence de la maladie mais dans laquelle les preuves ne sont pas encore concluantes.
Le 3 mars 2020, l'épidémie de Covid-19 a franchi la barre des 90.000 infectés dans le monde. Alors que le nombre de nouveaux cas quotidiens n'a jamais été aussi bas en Chine, le berceau de l'épidémie, les autres pays voient la maladie se propager comme une traînée de poudre. Face à cette nouvelle maladie, qui n'épargne désormais plus aucun continent habité, les scientifiques sont à pied d'œuvre pour comprendre le coronavirus Sars-CoV-2, l'agent étiologique du Covid-19. Et la question de son origine est loin d'être résolue.
Chauves-souris, serpents, pangolins, plusieurs espèces animales transitant par le marché de Wuhan point de départpoint de départ de l'épidémie, ont été mises en cause, comme réservoir naturel ou hôte intermédiaire du coronavirus, par les chercheurs.
Mais chaque publication déposée sur Biorvix s'est accompagnée d'une suivante la remettant en cause. Pour rappel, le site Biorvix est un site de prépublication, les travaux référencés n'ont pas suivi le chemin de publication scientifique classique, à savoir une relecture par les pairs où des erreurs de méthodologie ou d'interprétation sont soulevées et ensuite révisées par les auteurs. Un processus long mais qui renforce la valeur des résultats publiés. En revanche, la prépublication, bien qu'ayant ses limites, est fort utile pour communiquer des résultats scientifiques rapidement lors d'une situation qui évolue aussi vite qu'une épidémie.
L'hôte intermédiaire du coronavirus SARS-CoV-2 en question
Début février, des chercheurs chinois affirmaient que le Sars-CoV-2 et un coronavirus isolé du pangolin partageaient 99 % de leur génome. Une erreur de communication puisque leur étude, publiée le 20 février sur Biorvix, révèle qu'il ne s'agit en réalité que du « receptor-binding domain » (domaine de liaison au récepteur) de la protéine de surface S et qui ne présente qu'un acide aminéacide aminé de différence avec le domaine de la protéine S du coronavirus Sars-CoV-2. On est donc loin d'un match génétique de 99 % entre les deux virus.
Deux autres études, publiées le même jour, suggèrent que le virus responsable du Covid-19 partage, pour l'une, 90,23 % et, pour l'autre, 91,02 % de son génome avec les souches isolées des pangolins testées. Cette similarité n'est pas suffisante pour faire du pangolin un hôte du virus.
Dans le cas de l'épidémie de Sars de 2002-2003, le Sars-CoV partageait 99,8 % de son génome avec un coronavirus isolé des civettes, faisant de ce petit mammifère féliforme l'hôte intermédiaire du virus et le lien entre son réservoir naturel et l'Homme.
La chauve-souris, une piste sérieuse dans l'émergence de l'épidémie
Les chauves-souris sont toujours considérées comme la source la plus probable du Sars-CoV-2. Un coronavirus isolé du mammifère volant est le plus proche génétiquement du virus circulant entre humains, 96 % du matériel génétique est commun. Le virus a-t-il pu passer de la chauve-souris à l'Homme sans hôte intermédiaire ?
Les différences entre les fameux « receptor-binding domain » des deux virus suggèrent que le coronavirus de chauve-souris n'a pas pu infecter l'Homme sans hôte intermédiaire, selon les chercheurs.
Mais qui est cet hôte intermédiaire qui échappe aux scientifiques ? Les publications parues sur le sujet soulèvent plus de questions qu'elles n'en résolvent. L'enquête promet encore d'être longue.
Coronavirus : le pangolin est soupçonné d'être le chaînon manquant
Article publié le 7 février 2020 par Futura avec l'AFP-Relaxnews
Le pangolin est l'espèce la plus braconnée au monde, loin devant les éléphants ou les rhinocérosrhinocéros. Victime d'un trafic illégal, ce petit mammifère, menacé d'extinction, est très prisé pour sa chair, ses écailles, ses os et ses organes dans la médecine traditionnellemédecine traditionnelle asiatique. Il pourrait être l'animal qui aurait transmis le virus, c'est ce qu'avancent des chercheurs chinois tandis que d'autres appellent à la prudence.
Le pangolin, petit mammifère à écailles menacé d'extinction, est-il l'animal qui a transmis le nouveau coronavirus à l'homme ? Des chercheurs chinois ont avancé cette hypothèse vendredi, mais d'autres scientifiques appellent à la prudence en attendant une confirmation définitive.
L'animal, qui héberge un virus sans être malade et peut le transmettre à d'autres espèces, est appelé « réservoir ». Dans le cas du nouveau coronavirus, il s'agit certainement de la chauve-souris : selon une récente étude, les génomes de ce virus et de ceux qui circulent chez cet animal sont identiques à 96 %. Mais le virus de chauve-souris n'étant pas équipé pour se fixer sur les récepteurs humains, il est sans doute passé par une autre espèce pour s'adapter à l'homme.
Le pangolin est-il le chaînon manquant ?
L'identité de cet animal intermédiaire fait l'objet de nombreuses interrogations depuis le début de l'épidémie. L'hypothèse du serpent, un temps avancée, avait vite été balayée. Vendredi, l'Université d'agricultureagriculture du sud de la Chine a jugé que le pangolin pourrait être « un possible hôte intermédiaire », sans toutefois donner beaucoup de précisions. On sait seulement que les analyses génétiques de virus prélevé sur les pangolins et les Hommes étaient à 99 % identiques, selon l'agence étatique Chine nouvelle. Ces éléments ne sont « pas suffisants pour conclure, a tempéré un scientifique britannique, le Pr James Wood. Les preuves de l'implication du pangolin n'ont pas été publiées dans une revue scientifique », critère indispensable pour accréditer cette hypothèse, a-t-il commenté.
« Il faudrait voir l'ensemble des données génétiques pour connaître le degré de proximité entre les virus du pangolin et de l'Homme », a renchéri un autre scientifique britannique, le Pr Jonathan Ball. Le nouveau virus a fait son apparition en décembre dans un marché de Wuhan (centre de la Chine). Malgré son nom de Marché de fruits de mer, de nombreux autres animaux, dont des mammifères sauvages, y étaient vendus pour être mangés. On ne sait pas si le pangolin en faisait partie. Lors de l'épidémie de SrasSras (2002-2003), également causée par un coronavirus, l'intermédiaire était la civette, petit mammifère dont la viande est appréciée en Chine.
Comment se déroulent les enquêtes sur les animaux ?
Avant de cibler le pangolin, les chercheurs chinois ont testé plus de 1.000 échantillons provenant d'animaux sauvages. Ils ont vraisemblablement dû recenser tous les types d'animaux vendus dans le marché et faire des tests pour voir s'ils étaient porteurs du virus. Pour cela, on réalise « un prélèvement pharyngé (dans la gorge, ndlr) et un prélèvement de selles », explique à l'AFP Arnaud Fontanet, de l'Institut Pasteur.
La virologue Martine Peeters, de l'IRDIRD (Institut de recherche pour le développement), a enquêté en Afrique pour trouver l'animal réservoir du virus Ebola. Là aussi, la chauve-souris était en cause. La chercheuse décrit des prélèvements sur cet animal : « On leur passe un écouvillon dans la bouche et un autre dans le rectumrectum ». À défaut de disposer de l'animal lui-même, il faut également prélever des excréments dans la nature. « On a collecté des milliers de crottes dans de nombreux sites en Afrique », raconte Martine Peeters à l'AFP.
C'est sans doute aussi ce qu'ont fait les chercheurs chinois pour le nouveau coronavirus, d'autant que le marché de Wuhan a été fermé au début de l'épidémie. Fin janvier, une équipe chinoise avait dit avoir réalisé 585 prélèvements sur des étals et dans un camion poubelle du marché, et « avoir retrouvé le coronavirus dans 33 d'entre eux, indique le Pr Fontanet. Ils ne disent pas de quels échantillons il s'agissait, mais je pense que c'était des excréments qui traînaient sur les établis. »
De l'importance de connaître l'animal responsable de l'épidémie ?
Connaître l'animal qui a transmis le virus à l'Homme pourra permettre d'empêcher ce virus de réapparaître, une fois que l'épidémie aura été jugulée. « C'est en interdisant la consommation des civettes et en fermant les fermes d'élevage qu'on avait pu prévenir toute réintroduction [du virus du Sras chez l'humain, ndlr] », rappelle le Pr Fontanet. Si l'hypothèse du pangolin se confirme, la quête de l'animal responsable de l'épidémie causée par le nouveau coronavirus aura été rapide, comme pour le Sras.
Pour d'autres maladies, cela peut prendre beaucoup plus de temps. « Dans le cas d'Ebola, les recherches du réservoir ont commencé en 1976 et les premiers résultats ont été publiés en 2005 », rappelle à l'AFP Eric Leroy, virologue et vétérinairevétérinaire de l'IRD. Pour le virus du sida, le VIHVIH, l'enquête a duré vingt ans avant de pointer les grands singes, relève Martine Peeters.
Quelles menaces pèsent désormais sur le pangolin ?
Près de 100.000 pangolins sont victimes chaque année en Asie et en Afrique d'un trafic illégal qui en fait l'espèce la plus braconnée au monde, largement devant les éléphants ou les rhinocéros, selon l'ONG WildAid. Leur chair délicate est très prisée des gourmets chinois et vietnamiens, tout comme le sont leurs écailles, leurs os et leurs organes dans la médecine traditionnelle asiatique.
En 2016, la Convention internationale sur le commerce d'espèces sauvages menacées d'extinction (Cites) a voté l'inscription des pangolins à son annexe 1, qui interdit strictement son commerce. Malgré cette mesure, leur trafic n'a fait que s'accroître, selon des ONG. « Ce sont des contacts animaux sauvages-hommes qui sont à l'origine de ces transmissions, donc il faudrait laisser les animaux sauvages où ils sont » , estime le Pr Fontanet.
En conclusion d'une étude publiée lundi dans la revue médicale Nature, des chercheurs chinois ont préconisé « l'instauration d'une législation stricte contre l'élevage et la consommation des animaux sauvages ». Une mesure transitoire a d'ailleurs déjà été prise : fin janvier, la Chine a interdit le commerce de tous les animaux sauvages en attendant la fin de l'épidémie.
« À chaque fois, on cherche à éteindre un incendie et, quand il est éteint, on attend le suivant », déplore quant à lui François Renaud, chercheur au CNRS. Selon lui, il faudrait « cartographier tout ce qui est potentiellement susceptible de transmettre des agents infectieux à l'Homme », tout en concédant toutefois que cet « inventaire des risques » à l'échelle mondiale représenterait un énorme travail et nécessiterait d'importants financements.
Les chauves-souris seraient le réservoir du nouveau virus de Chine
Article de Julie Kern, publié le 26 janvier 2020
Les scientifiques se démènent pour mieux caractériser 2019-nCoV, une nouvelle souche de coronavirus qui fait trembler la Chine. Une première hypothèse sur son réservoir a été émise il y a quelques jours, en voici une seconde qui privilégie les chauves-souris. Et qui rapproche aussi 2019-nCoV de l'agent du SRAS.
Au fil des jours, le coronavirus 2019-nCoV livre un peu plus ses secrets. Dans un article paru hier, nous discutions du réservoir du virus : des serpents vendus sur le marché de Wuhan, selon les premiers éléments rassemblés par des chercheurs de l'université de médecine de Pékin. Les scientifiques à l'origine de cette étude suggèrent que 2019-nCoV est issu d'une recombinaison entre deux coronarivus dont un spécifique des chauves-souris.
Une nouvelle étude, prépubliée dans bioRvix, menée par des chercheurs de l'Académie chinoise des sciences, semble confirmer le lien de parenté entre les chauves-souris et 2019-nCoV. De plus, il appartiendrait à la même espèce que le SARS-CoV, l'agent responsable d'une épidémie de pneumopathiepneumopathie mortelle il y a 18 ans.
2019-nCoV est proche du SARS-CoV
Le travail de séquençageséquençage génomique a été réalisé à partir de virus isolés chez cinq patients différents à un stade précoce de la maladie. Par comparaison entière du génome, il apparaît que 2019-nCoV et une souche virale de chauves-souris sont identiques à 96 %.
Autre fait nouveau, 2019-nCoV serait aussi un proche cousin du SARS-CoV, dont le réservoir est la chauve-souris. Ces deux virus partagent 79,5 % de leur génome, mais aussi la même protéine, ACE2, qui leur sert de porteporte d'entrée dans les cellules de la muqueusemuqueuse respiratoire.
Faut-il pour autant abandonner l'hypothèse des serpents ? Si le réservoir naturel de 2019-nCoV semble plutôt être les chauves-souris, les serpents décrits précédemment pourraient être l'hôte intermédiaire entre les chauves-souris et l'Homme. Dans le cas du SARS-CoV, les humains ont été infectés lors d'un contact rapproché avec des civettes palmistes à masque (Paguma larvata), elles aussi vendues et consommées dans les marchés chinois. Bien sûr, cela n'est qu'une hypothèse.
Virus en Chine : les serpents sont-ils à l’origine de l’épidémie ?
Article publié le 23 janvier 2020 par Julie Kern
Alors que la Chine multiplie les mesures sanitaires pour limiter la propagation de 2019-nCoV, qui a déjà tué 17 personnes, les scientifiques semblent avoir mis le doigt sur le réservoir animal de ce nouveau coronavirus.
L'épidémie de pneumopathie due à un nouveau coronavirus en Chine continue de s'étendre. Ce 23 janvier, on compte 555 cas confirmés, essentiellement dans la province de Hubei où se trouve Wuhan, et 17 personnes décédées. L'épidémie se concentre à l'est de la Chine et aux pays alentour bien qu'un premier cas ait été identifié à Seattle aux États-Unis.
“La décision de déclarer ou non une urgence de santé publique de portée internationale est très sérieuse”
Le gouvernement chinois a instauré des mesures drastiques pour contenir la propagation de 2019-nCoV. Les aéroports et les gares de Wuhan sont fermés, coupant la ville du reste du monde. L'Organisation mondiale de la SantéOrganisation mondiale de la Santé (OMS) prolonge sa réunion vu le manque d'informations communiquées par la Chine. « La décision de déclarer ou non une urgence de santé publique de portée internationale est une décision que je prends très au sérieux et que je ne suis prêt à prendre qu'en tenant dûment compte des preuves disponibles », a déclaré à la presse le directeur de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, à Genève en Suisse.
De leur côté, les scientifiques continuent leurs investigations pour mieux comprendre cette souche jusqu'alors inédite. Une équipe de recherche de l'université de médecine de Pékin a publié, le 22 janvier, une étude dans Journal of Medical Virology. Ces chercheurs pensent avoir identifié l'origine de cette épidémie qui inquiète le monde entier : les serpents.
2019-nCoV, issu d’une recombinaison, viendrait des serpents
Les coronavirus sont plutôt communs chez les mammifères et les oiseaux, notamment chez des espèces proches des humains comme les cochons, les chats, les rats ou encore les volailles. Pour remonter la piste de l'origine du virus, les scientifiques chinois ont comparé plus de 200 génomes de coronavirus infectant les animaux avec celui de 2019-nCoV. En comparant les séquences génétiques qui sont spécifiques à l'hôte du virus par bio-informatique, il apparaît que les serpents seraient le réservoir le plus probable parmi toutes les espèces étudiées.
De plus, le génome du coronavirus de Wuhan est né de la recombinaison de deux coronavirus : l'un connu pour infecter les chauves-souris et l'autre aux origines inconnues. Certaines de ces protéines diffèrent donc de celles de ses « parents ». C'est le cas d'une glycoprotéineglycoprotéine de surface qui autorise l'entrée du virus dans d'autres cellules. Cette modification aurait permis à 2019-nCoV de franchir la barrière des espèces pour infecter les humains.
2019-nCoV, une zoonose émergente
La piste de la zoonose a été favorisée par les scientifiques, car l'épidémie s'est déclarée au sein d'un marché alimentaire de Wuhan. Pour rappel, une zoonosezoonose est une maladie virale, bactérienne ou parasitaire animale, capable d'infecter l'Homme suite à une mutation. Mais quel est le rapport entre les serpents et un marché aux poissonspoissons ? Selon les auteurs, on retrouve communément des serpents à la vente sur les étals de ce marché, notamment les espèces Bungarus multicinctus et Naja atra qui vivent dans la région.
C'est la première étude qui identifie un réservoir potentiel du coronavirus de Wuhan. D'autres espèces, elles aussi abondantes au marché de Wuhan, feront également l'objet d'investigations.
