Mammifères : à chacun son pneumocyste

Une équipe de chercheurs de l'IRDIRD en collaboration avec d'autres instituts a évalué à partir de données moléculaires, la parenté évolutive de différentes espècesespèces de pneumocystes prélevées chez des PrimatesPrimates. La comparaison des phylogéniesphylogénies respectives de ces pneumocystes et de leurs hôtes suggère qu'ils ont évolué conjointement au cours des temps géologiques. Ceci contredit l'hypothèse selon laquelle la pneumocystose serait due à l'émergenceémergence d'un agent pathogène nouveau. Cette étude éclaire la compréhension de l'épidémiologie d'une maladie parasitaire grave et ouvre de nouvelles pistes pour les recherches sur la phylogénie des MammifèresMammifères.

Le développement de l'épidémie du SIDA a suscité un regain d'intérêt pour la pneumocystose, une infection respiratoire qui n'apparaît que chez des humains immunodéprimés, et peut devenir mortelle en l'absence de traitement. L'agent responsable est un champignonchampignon microscopique habituellement non pathogène, qui vit dans les alvéoles pulmonaires. La recherche des sources éventuelles de contaminationcontamination humaine à partir de réservoirs animaux s'est révélée négative : seule l'espèce spécifique de l'Homme, Pneumocystis jirovecii, peut déclencher une pneumoniepneumonie chez lui. Ces travaux ont en même temps révélé l'existence de nombreuses autres espèces de pneumocystes chez des Mammifères : primates, animaux domestiques, rongeursrongeurs, marsupiaux, etc... Les tentatives d'infestationinfestation croisée entre hôtes d'espèces différentes ont confirmé la grande spécificité d'hôte des pneumocystes : chaque espèce animale abrite un pneumocyste différent. Des études préliminaires sur les relations de parenté entre les pneumocystes, à partir de données moléculaires, ont suggéré que cette spécificité résulterait d'un phénomène de stricte co-évolution entre l'hôte et son parasiteparasite.

Pour reconstituer la parenté évolutive des pneumocystes et ainsi vérifier cette hypothèse, les chercheurs de l'IRD en collaboration avec d'autres instituts ont comparé les séquences de trois gènesgènes, à partir d'échantillons prélevés dans les voies respiratoires ou le tissu pulmonaire d'une vingtaine d'espèces de Primates. Les relations de parenté entre les micro-organismesmicro-organismes ont ensuite été comparées à celles de leurs hôtes. Il est ainsi apparu que les arbresarbres obtenus étaient très similaires, la phylogénie des pneumocystes renvoyant comme un miroirmiroir celle des Primates. Les quelques différences observées apparaissent au niveau du branchement des pneumocystes de trois singes Sud-Américains : le saki (Pithecia pithecia), le singe écureuilécureuil (Saimiri sciureusSaimiri sciureus) et le singe hibou (Aotus nancymai). Des travaux antérieurs, portant sur la phylogénie de ces singes, montrent une incertitude comparable à propos de la parenté évolutive de ces trois espèces. Ainsi, la phylogénie des pneumocystes s'apparente à celle de leurs hôtes, même lorsque celle-ci est incertaine.