Coronavirus : que sait-on du supposé patient zéro de fin décembre ?

Selon un récent article publié dans la revue International Journal of Antimicrobial Agents, le SARS-CoV-2 circulerait en France depuis au moins fin décembre. Si pour les épidémiologistes, cette annonce n'a rien de vraiment surprenant (bien qu'elle soit utile pour réajuster leurs modèles), la Chine ayant déclaré le premier cas mi-novembre et le trafic aérien étant ce qu'il est, c'est la preuve que cette annonce est plus que discutable. Détails. 

Quelques rappels sur le test PCR

Pour savoir si vous êtes infecté par le SARS-CoV-2, on prélève un échantillon de vos sécrétions respiratoires, puis on les teste à l'aide d'une technique de biologie moléculaire : la réaction en chaîneréaction en chaîne par polymérase, plus connue sous le nom de RT-PCR. Nous avons détaillé grossièrement son fonctionnement dans un ancien article au sujet des tests. Le but de ce test est d'observer si le matériel génétiquematériel génétique du virusvirus va s'amplifier. C'est ce que fait la PCR : elle amplifie du matériel génétique.

Cependant, elle peut amplifier le matériel génétique d'à peu près n'importe quoi. Parce que dans un échantillon de sécrétions respiratoires d'un patient, ne se trouve pas que du virus. C'est pour cette raison que normalement, on prend des échantillons contrôles pour comparer les amplifications. De même, on quantifie l'ARNARN présent dans les échantillons pour avoir le même taux d'ARN viral dans les prélèvements. Dans cette étude, aucune quantificationquantification n'est faite et on constate que l'échantillon du patient devient positif 14 cycles après l'échantillon témoin positif, ce qui n'est pas anormal s'ils ont utilisé de l'ARN purifié du virus en laboratoire. Pour autant, on ne connaît pas la quantité d'ARN respective présente dans les différents échantillons, ce qui laisse perplexe face à ce genre de résultats. 

Il manque des échantillons témoins pour s'assurer que c'est bien le SARS-CoV-2 qui a été amplifié par la PCR. © Mongkolchon, Adobe Stock

Une PCR réalisée comme s'il y avait urgence

Bien, mais venons-en à l'expérience. Les médecins ont donc pris un échantillon de sécrétions respiratoires conservé (à -80 degrés) de ce patient, dans le cadre de la vigilance grippale, et ont réalisé les tests en question. Le problème de ce papier, c'est que la PCR est réalisée comme si on était dans l'urgence, c'est-à-dire comme le font les laboratoires médicaux actuellement. Pour des résultats robustes et pour écarter les doutes possibles, ce qui est souhaitable avant de publier un article dans la littérature scientifique, il manque des échantillons contrôles (qui ne prennent pas plus de temps) et au mieux un séquençageséquençage pour savoir si c'est bien le SARS-CoV-2 qui a été amplifié. À la rigueur, un test sérologiquetest sérologique aurait pu être réalisé chez le patient pour que le faisceau de preuves soit plus complet, même si cela complique le caractère administratif de l'intervention, qui n'est alors plus rétrospective. De même, en période de confinement et de crise sanitairecrise sanitaire, on peut comprendre que retrouver le patient et le faire revenir à l'hôpital ne soit pas chose aisée. 

Aussi, une contaminationcontamination involontaire des échantillons peut très bien s'envisager dans ces conditions de tests a posteriori, il aurait donc fallu écarter ce genre de doute possible. Néanmoins, le scannerscanner où l'on observe des lésions pulmonaires est présent et semble « un peu évocateur d'un cas de Covid-19Covid-19 modéré », selon un médecin-urgentiste qui a souhaité rester anonyme. Le reste de la partie clinique est trop peu détaillé, ce qui ne permet pas bien d'apprécier si le tableau clinique fait vraiment écho au Covid-19.

Patient zéro, vraiment ?

Même si cette personne a bien été infectée par le SARS-CoV-2, ce qui n'est pas certain bien que probable, ce n'est quoi qu'il en soit pas une preuve d'avoir trouvé le « patient zéropatient zéro ». En revanche, cela ne veut pas dire non plus que le SARS-CoV-2 ne circulait pas en France fin décembre. En effet, cette hypothèse est assez probable d'un point de vue épidémiologique. Les cas asymptomatiques loin d'être négligeables dans cette maladie, le premier cas identifié en Chine mi-novembre et le trafic aérien sont autant d'éléments qui laissent penser que le virus a pu circuler bien plus tôt que nous le croyons comme l'évoquait Tom Jefferson, épidémiologiste et chercheur honoraire au Center for Evidence-Based Medicine de l'université d'Oxford dans un récent article du British Medical Journal. Rappelons qu'en Italie, le virus circulerait depuis début janvier.