On sait que l’équilibre du microbiote intestinal est un élément clé de la bonne santé de l’organisme. En revanche, les liens entre génétique et composition du microbiote sont en cours de compréhension.
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Notre tube digestif habite des milliards de micro-organismes : bactéries, virus, et champignonschampignons. Ceux-ci tapissent les parois des intestins, particulièrement celles du gros intestingros intestin (côlon). C'est ce que l'on appelle le microbiote intestinal ou flore intestinale. Ces micro-organismes vivent en symbiose avec notre corps, qui est leur hôte. Un déséquilibre du microbiote peut déclencher de nombreuses pathologies, notamment des maladies auto-immunesmaladies auto-immunes et inflammatoires.
Notre microbiote se constitue progressivement depuis la naissance jusqu'à l'âge adulte en fonction de l'alimentation, du niveau d'hygiène, des médicaments reçus, de l'environnement mais aussi en fonction de la génétiquegénétique de l'individu. C'est le lien entre génétique humaine et microbiote intestinal qu'une équipe a souhaité approfondir. Leurs travaux ont été publiés le 9 mars 2022 dans la revue Scientific Reports du groupe Nature.
Analyser plusieurs mutations en même temps
Lorsqu'une maladie est la conséquence d'une seule mutation génétique, il est relativement aisé de l'identifier. S'il s'agit de la substitution d'un seul nucléotidenucléotide, on parle de polymorphisme d'un seul nucléotide (SNP ou Single Nucleotide PolymorphismSingle Nucleotide Polymorphism, en anglais). La plupart des études existantes sur la relation entre génétique humaine et composition du microbiote se sont penchées sur l'influence d'un seul SNP à la fois. Les auteurs de cette étude ont souhaité identifier le rôle de plusieurs SNP à la fois grâce à un procédé statistique particulier : l'analyse de corrélation canonique étendue. Il s'agit d'une méthode statistique descriptive multidimensionnelle. Ainsi, les liens entre SNP et survenue de certaines maladies (diabètediabète de type 2, troubles neurologiques, cancers) ont été testés chez 250 individus, 35 paires de jumeaux monozygotes (n=70) et 90 paires de jumeaux dizygotesdizygotes (n=180).
De nouvelles associations entre génétique et microbiote
Grâce à cette nouvelle méthode d'analyse, les auteurs ont pu mettre en évidence que certaines fonctions, comme la résistance aux antibiotiques, étaient directement liées à la génétique du patient. Des associations connues entre génétique et composition du microbiote ont pu être confirmées et de nouvelles corrélations ont pu être identifiées. Les auteurs reconnaissent que leur cohortecohorte est de petite taille et manque de diversité (uniquement des participants britanniques). Ils souhaiteraient poursuivre leurs travaux avec un plus grand nombre de sujets, issus de diverses zones géographiques et culturelles. De la même manière, toutes les personnes de la cohorte étaient en bonne santé. Il serait intéressant de mener le même travail chez des personnes atteintes de maladies. Nul doute qu'une meilleure compréhension du microbiote permettra une meilleure prise en charge des maladies provoquées par son déséquilibre.
