Evolution du virus de la grippe

Les chercheurs ont analysé une large collection représentative des deux souches les plus connues de la grippe, à savoir H1N1 et H3N2. Ces virus ont été collectés entre les années 1995 et 2005 dans l'état de New York et en Nouvelle Zélande. Les banques de données provenaient de l'"InfluenzaInfluenza Genome Sequencing Project" et ont été financées par le "National Institute of Allergy and Infectious Desease" qui a récemment mis à disposition plus de 1000 génomes complets de virus grippaux provenant de patients.

Jusqu'à maintenant, l'évolution de ce virus était perçue comme un procédé darwinien classique. En effet, il était plus ou moins admis que la principale protéine de surface nommée Hemaglutinine changeait continuellement afin de se soustraire au système immunitaire de l'hôte. Cela créait un avantage sélectif qui permettait de manière continue d'éliminer les virus " compétiteurs ".

Alors que ce mécanisme semble être effectivement appliqué par le virus H1N1, la période de sélection semble être une suite de séquences interrompues dans le cas du virus H3N2. En effet, ce virus semble être la plupart du temps en période de latencelatence et ne présente pas d'excès significatif de mutations dans sa région antigénique. Les chercheurs ont noté que, pendant ces périodes de latence, aucune des souches circulantes ne prend le dessus sur les autres. Il semble d'ailleurs que de multiples variations soient nécessaires pour permettre au virus d'échapper au système immunitaire. En conséquence, de nombreuses variétés de souches s'accumulent. Lorsque la mutation apportant un avantage sélectif apparaît, la période de latence laisse place à un épisode darwinien où le nouveau virus dominant s'étend rapidement à la population humaine et élimine les autres variants de son espèceespèce.

L'équipe dirigée par David Lipman conclut que la vision habituelle de l'évolution du virus de la grippe, à savoir rapide et contrôlée par un procédé de sélection positive, apparaît à leurs yeuxyeux incomplète. Les périodes de latence interrompues par de courtes périodes de sélection suggèrent que le séquençageséquençage d'un plus grand nombre de virus sur des patients permettrait d'améliorer la qualité des méthodes de préventionprévention. En parallèle, la substitution d'aminoacidesaminoacides pourrait également être un bon moyen pour prévoir les futures souches dominantes et de gagner un temps précieux pour l'élaboration de vaccinsvaccins.

Par Brice Obadia, Hedi Haddada & Sophia Gray