Allergies et asthme : la faute à notre flore bactérienne ?

Comment expliquer l'incroyable progression de l'asthme et des allergies dans tous les pays développés ? En France, l'asthme (très souvent d'origine allergique) a progressé de 40 % en vingt ans et provoquerait 2.000 morts par an. Dans le monde, la maladie toucherait 200 à 300 millions de personnes. L'incidence semble liée à nos modes de vie puisque les pays développés sont plus touchés que les autres.

Une longue liste de coupables a été dressée mais chacun a plus ou moins un alibi et le tableau évoque plutôt un phénomène multifactoriel. On peut diviser en deux groupes les causes envisagées : l'environnement serait plus allergène ou les individus seraient moins résistants. La pollution extérieure constitue un suspect potentiel. Mais des villes de pays pauvres, très polluées, connaissent des taux de maladies allergiques faibles. L'augmentation des substances allergisantes au travail ou dans nos maisons mais aussi dans alimentation figurent sur la liste. La suspicion qui pèse sur eux est forte. De fait, entre les produits chimiques présents dans les shampoings, les insecticidesinsecticides ou les produits nettoyants, nos organismes sont dans un environnement bien différent de celui nos ancêtres.

Serions-nous moins résistants ? On a accusé le renoncement à l'allaitement d'être un facteur favorisant les allergies mais les études semblent contredire cette hypothèse. D'une manière plus générale, l'hypothèse dite hygiéniste propose que notre environnement serait trop propre : notre système immunitairesystème immunitaire ne serait plus entraîné à lutter contre les allergènes et se lancerait dans des batailles à la Don Quichotte contre des substances inoffensives comme les grains de pollenpollen ou l'huile d'arachidearachide. En faveur de cette hypothèse figure l'influence protectrice... de la ferme : l'enfant des champs a moins souvent d'allergies que l'enfant des villes. De même, contrairement à une idée reçue, la présence d'un animal domestique dans la maison du bébé renforce sa future résistancerésistance aux allergies.

Escherichia coli, une bactérie commune dans l'intestin, mais dont il existe des formes pathogènes, et qui vit au sein d'une vaste flore. On connaît finalement très mal ce véritable écosystème interne...
© Inra / R. Ducluzeau

Nous sommes aussi ce que sont nos bactéries

Un scientifique suédois de l'Institut Karolinska, Bengt Björkstén, étudie ces questions depuis plus de dix ans. Dans son pays, la fréquence de l'asthme et de l'eczéma a doublé en vingt ans. Ce chercheur veut ajouter un facteur possible de plus : la flore bactérienneflore bactérienne de l'intestin. Lors de précédentes études, Björkstén avait déjà montré que la diversité de cette population chez le très jeune enfant avait une influence positive sur le système immunitaire. La flore bactérienne se met en place tout de suite après la naissance et c'est donc l'environnement immédiat du nourrisson qui détermine l'écologieécologie bactérienne de son intestin.

Pour aller plus loin, il a collectionné pendant onze ans... les excréments de bébés. Son espoir est d'en analyser la biodiversitébiodiversité à l'aide de techniques d'analyse du génomegénome. Il a mené son enquête dans son pays mais aussi en Estonie. Pourquoi l'Estonie ? Parce que ce pays est passé brutalement dans le mode de vie occidental après la chute de l'Union soviétique. Björkstén avait déjà mené des études sur ce pays pour comparer la situation avant et après son indépendance. Selon lui, les Estoniens actuels vivent comme les Suédois d'il y a quarante ans. Il entend donc entamer une étude comparative des populations bactériennes des nourrissons.

Le programme n'est pas mince et ce chercheur suédois n'est pas le seul à se lancer dans cette aventure. Les populations bactériennes apparaissent désormais comme d'une importance capitale pour la médecine. Mais le travail est énorme : dans le corps humain, les bactériesbactéries sont dix fois plus nombreuses que ses propres cellules ! Ce vaste écosystèmeécosystème influe directement sur notre santé, puisqu'elles nous aident à digérer et empêchent l'invasion de bactéries pathogènespathogènes. En fait, il fait littéralement partie de nous-mêmes. On pourrait dire qu'un être humain est un organisme composé de cellules et de bactéries...

Après avoir séquencé le génome humain, les scientifiques veulent aujourd'hui s'attaquer à ceux de nos bactéries. L'ensemble de leurs gènesgènes est appelé microbiomemicrobiome et peut s'étudier globalement (et non pas bactérie par bactérie) grâce aux méthodes de la métagénomique, très en vogue. « Nous sommes à l'aubeaube d'une révolution dans la compréhension du microbiome humain, s'enthousiasme Bengt Björkstén. La clef pour comprendre [les maladies allergiques] est peut-être dans l'intestin plutôt que dans l'environnement. » De nouvelles voies thérapeutiques s'ouvriront peut-être lorsque l'écologie bactérienne du corps humain sera mieux connue. Mais hypothèse hygiéniste ou pas, « personne ne veut revenir à de mauvaises conditions d'hygiène, souligne Bengt Björkstén. Il faudra trouver d'autres moyens... ».