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Comme tout rétrovirus, le génome du VIH est composé d'un ARN qui est rétrotranscrit en ADN dans la cellule. L'ADN du virus s'insère dans le génome de la cellule hôte et forme le provirus, comprenant deux brins : le brin sens et le brin antisensbrin antisens, qui peuvent tous les deux être transcrits. Jusqu'à présent, on considérait que le génome du VIHVIH contenait neuf gènesgènes.
Mais voici que l'existence d'un dixième gène, soupçonnée depuis la fin des années 1980, est enfin confirmée par des chercheurs du Laboratoire d'informatique, de robotiquerobotique et de microélectronique de Montpellier (LIRMM - CNRS, université de Montpellier) et du Centre d'études d'agents pathogènespathogènes et biotechnologiesbiotechnologies pour la santé (CPBS - CNRS, université de Montpellier).
La séquence de ce nouveau gène, appelé asp, est codée par le brin antisens du VIH-1 ; il se trouve dans la région du gène env qui code pour la protéineprotéine enveloppe du VIH. ASP signifie AntiSens Protein. Les chercheurs ont comparé 23.000 séquences du VIH et du SIV, le virus qui infecte les singes, pour connaître l'évolution de asp. Ils ont utilisé une approche de bioinformatique particulière, basée sur l'étude des codonscodons-stop, et ainsi démontré que le gène asp n'existe que chez les virus humains.
Lors de l’infection par le VIH, l’ARN du génome est rétrotranscrit en ADN. Celui-ci est ensuite inséré dans le génome de la cellule hôte sous la forme du provirus. © Alila Medical Media, Shutterstock
Le gène asp est lié à la pandémie humaine
Le moment auquel le gène asp est apparu a retenu toute l'attention des chercheurs, comme l'explique Antoine Gross, biologiste au CPBS : « Un autre aspect de nos travaux est que ce gène semble être apparu il y a un siècle, lors de l'émergenceémergence chez l'Homme du virus ayant provoqué la pandémiepandémie de Sida. » Le gène a été conservé au cours de l'évolution et doit donc conférer un avantage au virus humain. Pour OlivierOlivier Gascuel, bioinformaticien au LIRMM, « ASP n'est pas là par hasard. »
Mais la fonction de ASP reste inconnue. Pour Antoine Gross, « ce gène apporte un avantage au virus sinon il aurait disparu au cours de l'évolution. On avait des preuves indirectes in vivoin vivo (une réponse immune dirigée contre la protéine ASP) et des preuves d'expression dans des infections réalisées au laboratoire (in vitroin vitro). »
Pour l'instant, il est difficile de savoir si la découverte de ce dixième gène permettra de nouvelles thérapeutiques, mais pour Olivier Gascuel, « un gène de plus, c'est une cible thérapeutique de plus. » En outre, la méthode utilisée pourrait servir à l'étude d'autres virus : « Les outils bioinformatiques développés vont permettre de détecter ces gènes « antisens » plus facilement et donc auront un impact sur d'autres virus pour lesquels la question se pose », explique Antoine Gross.
Ces travaux paraissent dans Pnas.
