Les variants du coronavirus progressent en France, mais dans quelles proportions ? Vont-ils devenir majoritaires ?
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Actuellement, le variant D614G du SARS-CoV-2 représente la majorité des cas d'infection en France. Mais les nouveaux variants identifiés, au Royaume-Uni, en Afrique du Sud et au Brésil, à la fin de l'année 2020, gagnent du terrain. Par ailleurs, le variant B.1.1351 (ou le variant sud-africain) a supplanté celui autrefois majoritaire en Afrique du Sud, remettant en cause la campagne de vaccination.
En effet, le pays a annoncé la suspension des injections du vaccin d'AstraZenecaAstraZeneca contre la Covid-19, dont l'efficacité contre le variant B.1.1351 semble limitée. Est-ce que le même phénomène pourrait arriver en France ?
Surveillance virologique
Santé publique France a effectué deux enquêtes flashflash à 20 jours d'intervalle. La première a eu lieu le 7 et 8 janvier 2021 et la seconde, le 27 janvier 2021. Le but de ces investigations est d'identifier les cas d'infection au variant anglais, sud-africain ou brésilien parmi les tests de dépistage positifs à la Covid-19.
Pour cela, deux étapes sont nécessaires en plus de la PCRPCR de dépistage classique. Lorsqu'un test RT-PCRRT-PCR de dépistage est positif pour la Covid-19, les laboratoires ayant le matériel nécessaire peuvent réaliser une deuxième PCR, appelée PCR de criblage, qui met en évidence la mutation N501Y sur la protéineprotéine S. Les échantillons qui sont positifs à ce deuxième test, ou qui donnent un résultat dit discordant, sont alors envoyés au Centre national de référence (CNR) VirusVirus et Maladies infectieuses de Lyon qui fera un séquençageséquençage complet pour confirmer la présence du variant et sa nature.
À l'issue de la première enquête flash, il apparaît que 3,8 % des PCR positives sont soupçonnées d'être un variant. Cela a été confirmé pour 38 % de ces échantillons lors du séquençage. Ainsi, 1 à 2 % des cas de Covid-19 diagnostiqués sont imputables au variant anglais du SARS-CoV-2. La seconde enquête flash du 27 janvier met en lumièrelumière la progression des variants, désormais ce sont 14 % des PCR positives qui évoquent le variant anglais, et 14,6 % quand on considère à la fois les trois variants.
Des variants en progression
Comme cela était attendu, le variant anglais gagne du terrain en France. En effet, plusieurs expériences in vitroin vitro ont démontré que la mutation N501Y confère un avantage certain au SARS-CoV-2 : il devient entre 50 et 70 % plus transmissible. Le nombre de nouveaux cas de Covid-19 hebdomadaire stagne depuis quelques semaines, mais à un niveau très important : 143.325 nouveaux cas pour la semaine 3 et 141.732 pour la semaine 4. La progression des variants n'est pas accompagnée d'une explosion du nombre de nouveaux cas, car il semble que les contaminationscontaminations dues au variant D614G diminuent en faveur de celles dues au variant anglais.
Des scientifiques de l'Institut Pierre-Louis d'épidémiologie et de santé publique, rattaché à l'Inserm, ont réalisé des projections mathématiques pour prévoir l'évolution du variant anglais. Selon eux, si l'on considère que le variant anglais est 70 % plus transmissible, alors il deviendra dominant entre la fin février et le début mars. Si l'on considère qu'il est 50 % plus transmissible, ce moment est retardé de quinze jours. Ils estiment aussi que les hôpitaux risquent de connaître une recrudescence des hospitalisations, environ 25.000 chaque semaine, entre fin février et mi-avril, si rien n'est fait.
L'épidémie de demain
La situation au Danemark, où la progression du variant anglais est un peu plus avancée qu'en France, offre aussi une fenêtrefenêtre possible sur l'avenir. Selon les statistiques du Danish Covid-19 Genome Consortium, le variant anglais représente 27 % des tests de dépistage positifs pour la semaine du 8 février, à l'échelle nationale. Sur l'île de Seeland, où est située Copenhague, c'est 38,3 %.
Le variant sud-africain, qui a remis en question la campagne vaccinale en Afrique du Sud, est présent en France mais largement minoritaire pour le moment. PfizerPfizer et Moderna ont réalisé des expériences pour s'assurer que leur vaccin est efficace contre le variant anglais et les résultats publiés dans la littérature scientifique sont rassurants. La progression du variant anglais ne remet pas en cause la campagne vaccinale. Au début du mois de février, 1.615.088 personnes avaient reçu au moins une dose.
