L'émergenceémergence au Royaume-Uni et en Afrique du Sud de deux nouveaux variants du Sars-CoV-2, plus contagieuxcontagieux selon les premières données, inquiète au plus haut point la communauté internationale. Faisons le point sur ces deux mutations. En premier lieu, que sont ces variants ? Tous les virus mutent. Ces mutations sont des modifications qui interviennent lorsqu'ils se répliquent. Les scientifiques ont observé de multiples mutations du Sars-CoV-2 depuis son apparition, la grande majorité sans conséquence, mais certaines peuvent lui donner un avantage pour sa survie, dont une plus grande transmissibilité.

Détecté en novembre au Royaume-Uni, le variant B.1.1.7, désormais appelé VOC 202012/01, trouve « probablement » son origine dans le sud-est de l'Angleterre en septembre, selon l'Imperial College de Londres. Il s'est rapidement étendu dans tout le Royaume-Uni et a désormais été détecté dans des dizaines de pays du monde, des États-Unis à la Corée du Sud en passant par l'Inde, la France ou le Danemark.

La plupart de ces cas sont liés au Royaume-Uni mais, pour quelques-uns, aucun lien avec ce pays n'a pu être retracé, ce qui prouve que ce variant s'est déjà implanté localement. C'est ce qui se passe au Danemark, un des pays qui séquence le plus d'échantillons, et où 86 cas ont été identifiés -- avec une fréquence en hausse.

Un autre variant, appelé 501.V2, est désormais majoritaire en Afrique du Sud. Il a été détecté dans des échantillons remontant au mois d'octobre, puis a été repéré dans quelques autres pays du monde, notamment le Royaume-Uni et la France. Pour les deux variants, les cas sont probablement sous-estimés, selon les experts.

Ainsi, selon les calculs de la London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), le variant britannique serait 50 à 74 % plus contagieux. © Oli Scarff, AFP

Deux variants hautement transmissibles

Ces deux variants présentent plusieurs mutations dont l'une, nommée N501Y, est au centre de toutes les attentions. Elle se situe sur la protéine spike du coronavirus, une pointe à sa surface qui lui permet de s'attacher au récepteur ACE2 des cellules humaines pour les pénétrer et joue ainsi un rôle clé dans l'infection virale.

Cette mutation N501Y est connue pour augmenter les capacités d'attachement du virus au récepteur ACE2. « Il n'y a pas de relation clairement établie entre l'attachement à l'ACE2 et une transmissibilité accrue, mais il est plausible qu'une telle relation existe », estime le Centre européen de préventionprévention et de contrôle des maladies (ECDC).

Plusieurs études scientifiques, pas encore évaluées par les pairs et se basant principalement sur des modélisationsmodélisations, concluent que le variant britannique est largement plus transmissible. Cela confirme les évaluations initiales du groupe de chercheurs NERVTAG qui conseille le gouvernement britannique, qui estimait que la transmission est accrue de 50 à 70 %. Ainsi, selon les calculs de la London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), le variant britannique serait 50 à 74 % plus contagieux.

Pour leur dernier rapport, publié jeudi, les chercheurs de l'Imperial College de Londres ont analysé des milliers de génomes de virus du Sars-CoV-2 séquencés entre octobre et décembre. Selon deux méthodes différentes, ils en concluent que ce variant à un « avantage important » en termes de contagiosité : 50 à 75 % plus contagieux, ou un taux de reproduction du virus (R) entre 0,4 et 0,7 supérieur au virus habituel.

Les résultats préliminaires concernant le variant sud-africain font également état d'une plus forte transmissibilité, mais moins de données sont disponibles. Certains experts estiment malgré tout qu'il n'y a pas assez de données pour évaluer avec certitude la contagiosité des deux variants. « Il faut rester prudent. La résultante en termes d'incidence est une combinaison de facteurs qui associe les caractéristiques du virus mais aussi les mesures de prévention et de contrôle mises en place [distanciation, port du masque, fermeture des établissements recevant du public], a indiqué à l'AFP Bruno Coignard, directeur des maladies infectieuses à l'agence sanitaire française Santé publique France.

Pourquoi est-ce plus problématique ?

« Il n'y a aucune information sur le fait que les infections par ces souches soient plus graves », note l'ECDC. Mais le risque « en termes d'hospitalisations et de morts est élevé ».

« Qui dit plus forte transmissibilité dit éventuellement une beaucoup plus forte incidence, et donc même à létalité égale, une pressionpression sur le système de santé plus importante », poursuit Bruno Coignard. Un variant du Sars-CoV-2 « 50 % plus transmissible poserait un bien plus grand problème qu'un variant 50 % plus mortel », insiste de son côté sur TwitterTwitter l'épidémiologiste britannique Adam Kucharski, démonstration statistique à l'appui.

Pourquoi ce variant anglais peut-il nous plonger dans une situation « extrêmement complexe »? © Siarhei, Adobe Stock

Avec un taux de reproduction à 1,1, un taux de mortalité de 0,8 %, et 10.000 personnes contaminées, on aboutirait à 129 morts au bout d'un mois, explique-t-il. Si le taux de mortalité est accru de 50 %, le nombre de morts atteindrait 193. Mais si le taux de transmissibilité augmentait de 50 %, c'est 978 décès qui seraient à déplorer. L'impact serait notamment très sensible dans les pays où même une petite hausse de la transmissibilité ferait basculer le taux de reproduction au-dessus de 1, accélérant l'épidémieépidémie. 

Le variant britannique, c'est « vraiment l'inquiétude du moment [car] il peut nous précipiter dans une situation extrêmement complexe », a prévenu lundi, sur la radio France Info, l'épidémiologiste Arnaud Fontanet, membre du Conseil scientifique qui guide le gouvernement français. Par ailleurs, les premières études sur le variant britannique font également état d'une plus grande contaminationcontamination des jeunes de moins de 20 ans, ce qui repose la question de l'ouverture ou non des écoles. Ainsi, l'étude de la LSHTM estime que des mesures de restrictions telles que le confinement en place au Royaume-Uni en novembre ne seraient pas suffisamment efficaces pour contrôler l'épidémie, « à moins que les écoles, lycées et universités soient également fermés ».

L'efficacité des vaccins n'est pas remise en cause

Alors que les campagnes de vaccinationvaccination qui viennent de commencer offrent un espoir de sortir de cette crise sanitairecrise sanitaire mondiale, certains s'interrogent sur la capacité des vaccinsvaccins à lutter contre les nouveaux variants. Pour les deux variants, « il n'y a à ce stade pas assez d'informations disponibles pour estimer [s'ils font peser] un risque sur l'efficacité des vaccins », estime l'ECDC.

Toutefois, « en l'état actuel de nos connaissances, les experts pensent que les vaccins actuels seront efficaces contre ces souches », a déclaré Henry Walke, des Centres américains de prévention et de lutte contre les maladies (CDCCDC), lors d'une conférence de presse mercredi. Le laboratoire allemand BioNTech, à l'origine avec PfizerPfizer du premier vaccin contre le Covid-19Covid-19 autorisé au monde, a lui assuré qu'il était capable, si besoin était, de fournir un nouveau vaccin « en six semaines » pour répondre à une mutation.

Vigilance et persévérance individuellement et collectivement 

Il est « illusoire » de penser pouvoir éradiquer ou empêcher totalement la propagation des nouveaux variants, estime Bruno Coignard, notant que l'objectif est de « retarder au maximum » leur diffusiondiffusion. Ainsi, pour les pays où les cas de nouveaux variants ne sont pas largement répandus, l'ECDC recommande « des efforts pour ralentir la propagation, similaires à ceux mis en place au début de l'épidémie » : tests des personnes arrivant de zones à risque avec éventuelles quarantaines, isolement et traçage des contacts renforcés pour les personnes contaminées, limitation des voyages...

Il appelle également à surveiller l'incidence de ces variants, notamment en multipliant les séquençagesséquençages de virus. Certains tests PCRtests PCR peuvent également donner une indication de la présence du variant britannique, pour ensuite mieux cibler les séquençages, a expliqué le Pr Fontanet, selon qui « une surveillance extrêmement agressive » est indispensable.

Au niveau individuel, « parce que ces variants semblent se répandre plus facilement, nous devons être encore plus vigilants dans nos mesures de prévention pour ralentir la propagation du Covid-19 », a insisté le Dr Walke, faisant référence au port du masque, à la distanciation physiquephysique, au lavage des mains et à l'aération des espaces fermés, sans oublier d'éviter la foule.

Covid-19: que sait-on de la nouvelle souche plus infectieuse du coronavirus ?

Article de Futura-Relaxnews, publié le 21 décembre 2020

L'apparition au Royaume-Uni d'une nouvelle souche du coronavirus beaucoup plus contagieuse que les autres inquiète les épidémiologistes et a, dans l'immédiat, amené plusieurs pays à suspendre les vols en provenance du territoire britannique.

Le conseiller scientifique du gouvernement britannique, Patrick Vallance, avait indiqué samedi que cette nouvelle variante du Sars-CoV-2, en plus de se propager rapidement, devenait aussi la forme « dominante », ayant entraîné « une très forte hausse » des hospitalisations en décembre. Elle serait apparue mi-septembre à Londres ou dans le Kent (sud-est), selon lui.

« Le groupe consultatif sur les menaces nouvelles et émergentes des virus respiratoires (Nervtag) considère maintenant que cette nouvelle souche peut se propager plus rapidement », a déclaré le médecin-chef de l'Angleterre, Chris Whitty, dans un communiqué.

Cet avis s'appuie sur le constat d'une « augmentation très forte des cas de contamination et des hospitalisations à Londres et dans le sud-est, par rapport au reste de l'Angleterre ces derniers jours, indique le professeur de médecine Paul Hunter, de l'Université d'East Anglia, cité sur le site de Science Media Centre. Cette augmentation semble être causée par la nouvelle souche », a-t-il ajouté en se référant aux informations fournies par les autorités sanitaires. Pour autant, « rien n'indique pour le moment que cette nouvelle souche cause un taux de mortalité plus élevé ou qu'elle affecte les vaccins et les traitements, mais des travaux urgents sont en cours pour confirmer cela », ajoute Chris Whitty.

Faut-il s'inquiéter de cette nouvelle souche du coronavirus ? © Good Studio, Adobe Stock

Un virus devenu plus infectieux

L'information « sur cette nouvelle souche est très préoccupante », selon le Pr Peter Openshaw, immunologiste à l'Imperial College de Londres, cité par Science Media Centre. Notamment parce qu'« elle semble de 40 % à 70 % plus transmissible ». « C'est une très mauvaise nouvelle, renchérit le Pr John Edmunds, du London School of Hygiene & Tropical Medicine : Il semble que ce virus est largement plus infectieux que la souche précédente ».

Sur sa page FacebookFacebook, le généticien français Axel Kahn a rappelé qu'à ce jour, « 300.000 mutants de CoV-2 ont été séquencés dans le monde ». La nouvelle souche porteporte notamment une mutation, nommée N501Y, dans la protéineprotéine du « spicule » du coronavirus, la pointe qui se trouve à sa surface et lui permet de s'attacher aux cellules humaines pour les pénétrer.

Une nouvelle variante du Sars-CoV-2 serait apparue mi-septembre à Londres ou dans le Kent (sud-est de l'Angleterre). © Tolga Akmen, AF

« Les coronavirus mutent tout le temps »

Selon le Dr Julian Tang, de l'Université de Leicester, « cette mutation N501Y circulait déjà sporadiquement bien plus tôt cette année en dehors du Royaume-Uni, en Australie en juin-juillet, aux États-Unis en juillet et au Brésil en avril ». « Les coronavirus mutent tout le temps et il n'est donc pas surprenant que des nouveaux variants du Sars-CoV-2 émergent, rappelle le professeur Julian Hiscox, de l'université de Liverpool. Le plus important est de chercher à savoir si ce variant a des propriétés qui ont un impact sur la santé des humains, les diagnosticsdiagnostics et les vaccins ».

« Plus il y a de virus produits, donc de personnes infectées, plus il y a de mutations aléatoires et plus grande est la fréquence de mutations avantageuses pour le virus », relève encore le Pr Axel KahnAxel Kahn.

Suspension des vols en provenance du Royaume-Uni

La confirmation de la contagiosité de cette souche a convaincu les autorités britanniques de décréter un reconfinement de Londres et d'une partie de l'Angleterre (au total 16 millions d'habitants). « Malheureusement la nouvelle souche était hors de contrôle. Nous devions reprendre le contrôle et la seule manière de le faire est de restreindre les contacts sociaux », a déclaré le ministre de la Santé Matt Hancock dimanche.

Après les Pays-Bas, qui ont suspendu dimanche tous les vols de passagers en provenance du Royaume-Uni, l'Allemagne envisage « sérieusement » une mesure identique, en y ajoutant l'Afrique du Sud. La Belgique s'apprête à le faire pour les liaisons aériennes et ferroviaires. La France emboîte le pas aux Pays-Bas. Un premier cas a été signalé en Italie, lundi matin.

Covid-19 : les chercheurs savent désormais pourquoi le virus est si infectieux

Article d'Emma HollenEmma Hollen publié le 23 octobre 2020

Plusieurs études ont d'ores et déjà permis d'identifier certaines des causes responsables de l'extrême virulence et infectiosité du coronavirus de 2019. Néanmoins, une pièce du puzzle manquait encore. Une pièce qui viendrait possiblement d'être découverte.

Il y a 17 ans, le virus SARS-CoV était identifié pour la première fois par les chercheurs. Apparu dans la province de Guangdong, au sud de la Chine en 2002, il affecta 26 pays, culminant à 8.000 cas l'année suivante. Heureusement, il put être rapidement contenu et ne connaît aujourd'hui que de rares éruptions sporadiques dues à des incidents en laboratoire ou survenant - possiblement - de manière naturelle, par transmission de l'animal à l'Homme. La pandémiepandémie redoutée par les chercheurs n'eut donc jamais lieu. Jusqu'à la fin de l'année dernière, où une nouvelle forme du virus, SARS-CoV-2, fit son apparition.

Un nouveau cas de figure

Contrairement à son prédécesseur, le coronavirus de 2019 est particulièrement infectieux, ainsi qu'en témoignent les 41,7 millions de cas enregistrés dans le monde, et virulent, avec 1,14 million de morts déjà comptabilisés (rappelons-nous que ces chiffres ne sont que la portion « reportée » de l'iceberg). Les agents de cette évolution ont pu être en partie cernés, avec la découverte de l'enzymeenzyme de conversion de l'angiotensine II (ACE2) qui agirait comme un récepteur du coronavirus, une porte d'entrée et un point d'accroche dans le corps humain. Cependant, ce récepteur, également compatible avec le virus SARS-CoV, n'expliquait pas tout.

« Le point de départpoint de départ de notre étude était de savoir pourquoi le SARS-CoV, un coronavirus qui a conduit à une épidémie beaucoup moins importante en 2003, et le SRASSRAS-CoV-2 se propagent de manière si différente alors qu'ils utilisent le même récepteur principal ACE2 », explique Ravi Ojha, virologue et coauteur d'une étude qui pourrait contenir une nouvelle pièce du puzzle, parue dans la revue Science. La réponse, les chercheurs l'ont trouvée dans le génome du virus de 2019. 

La neuropiline 1, une possible clé du coronavirus ? © Proteopedia

La neuropiline 1, clé du coronavirus ?

L'étude du génome a permis d'identifier les séquences responsables de la production d'un réseau de pointes à la surface du virus, capables de l'aider à s'agripper aux tissus. « Contrairement à son ancien parent, le nouveau coronavirus avait acquis une "pièce supplémentaire" sur ses protéines de surface, que l'on retrouve également dans les pointes de nombreux virus humains dévastateurs, dont le virus Ebola, le VIHVIH et les souches hautement pathogènespathogènes de la grippe aviairegrippe aviaire, parmi d'autres », commente Olli Vapalahti, lui aussi virologue. Ce coupable derrière ces dangereux crochets est la protéine transmembranaire neuropiline 1.

L'utilisation d'anticorps monoclonauxanticorps monoclonaux sur des pseudovirus a permis de confirmer que le blocage de la neuropiline 1 rendait beaucoup plus compliqué leur entrée dans les cellules. « Si vous considérez l'ACE2 comme le verrouverrou de la porte pour entrer dans la cellule, alors la neuropiline 1 pourrait être celle qui dirige le virus vers la porte, précise Giuseppe Balistreri, coauteur. L'ACE2 est exprimée à des niveaux très faibles dans la plupart des cellules. Il n'est donc pas facile pour le virus de trouver des portes pour y pénétrer. D'autres facteurs tels que la neuropiline 1 pourraient aider le virus à trouver sa porte. »

SARS-CoV-2 : des mutations ont-elles augmenté sa virulence ?

Article de Céline DeluzarcheCéline Deluzarche, publié le 28 avril 2020

Le coronavirus, responsable de la pandémie de Covid-19, a déjà subi de nombreuses mutations, dont certaines le rendent plus ou moins pathogène. Certaines versions du virus, notamment celles circulant en Europe, seraient ainsi 270 fois plus agressives que d'autres.

A-t-on sous-estimé la capacité du coronavirus SARS-CoV-2 à muter ? À chaque réplicationréplication, les virus subissent des modifications génétiquesgénétiques aléatoires qui affectent une partie de leur génome. La plupart du temps, ces mutations sont mineures et n'apportent pas de changement dans la biologie ou les fonctions du virus. Jusqu'ici, on pensait que c'était le cas pour le SARS-CoV-2. Des chercheurs chinois de l'université de Zhejiang en Chine viennent pourtant de découvrir que, non seulement le virus a une propension importante à muter, mais que certaines mutations induisent une dangerosité bien plus élevée. « Le SARS-CoV-2 a acquis des mutations capables de modifier substantiellement sa pathogénicitépathogénicité », résument les chercheurs dans leur article en pré-publication sur le site medRxiv.org. Certaines souches seraient ainsi 270 fois plus virulentes que d'autres.

Certaines variantes du virus produisent 270 fois plus de charge virale (en vert) que d’autres. © NIAID

Onze souches de virus ont été isolées chez des patients de la province du Zhejiang. Au total, les chercheurs ont identifié 33 mutations dans le génome, dont 19 encore inconnues. Surtout, certaines de ces mutations portent sur la partie codant la structure des protéines de surface du virus, celles qui lui servent à pénétrer dans la cellule. Afin de vérifier l'effet de ces mutations, les chercheurs ont infecté des cellules avec les différentes variantes du virus, et constaté que certaines souches produisent 270 fois plus de charge viralecharge virale que d'autres, tuant ainsi la cellule beaucoup plus vite.

Les variantes européennes sont les plus dangereuses

Les chercheurs ont ensuite retracé différentes souches en circulation dans le monde pour retrouver celles correspondant aux séquences analysées. Les souches circulant en Europe et à New York seraient ainsi les plus virulentes, les plus modérées concernant à l'inverse le reste des États-Unis. Une précédente étude de l'université Northeastern avait déjà montré que le virus à New York avait été importé d’Europe, probablement d'Italie, où il s'est avéré particulièrement meurtrier. Les scientifiques suspectent depuis longtemps que les différentes formes du virus pourraient expliquer les étonnantes disparités de mortalité selon les pays et les régions. La France enregistre, par exemple, quatre fois plus de morts que l'Allemagne, alors qu'elle compte 20 millions d'habitants de moins. Cette étude est la première à confirmer un lien de cause à effet.

Nombre de génomes séquencés du SARS-CoV-2 selon leur pays d’origine. © Gisaid

Des mutations passées sous le radar ?

L'étude ayant été menée sur un échantillon très restreint, « il est très probable que la capacité du virus à muter a été largement sous-estimée », jugent les chercheurs. D'autant plus que les séquençages sont sujets à caution. Selon le Centre national de Bioinformation chinois, plus de 11.300 génomes de SARS-CoV-2 ont été séquencés dans le monde, contenant pas moins de 4.855 mutations. Le problème, c'est que la plupart de ces analyses résultent d'un séquençage simple, où chaque gènegène n'est lu qu'une seule fois, ce qui induit un taux d'erreurstaux d'erreurs important. Pour son étude, l'équipe chinoise a utilisé un système de séquençage sophistiqué, où chaque séquence est lue plus de 100 fois, ce qui a notamment permis d'identifier les nouvelles mutations.

Il reste toutefois difficile d'appréhender les effets de telle ou telle mutation sur la dangerosité du virus, car l'évolution de la maladie dépend en grande partie d'autres facteurs, comme l'âge du patient, les comorbiditéscomorbidités, la génétique ou même le groupe sanguin. Ce que redoutent le plus les scientifiques, c'est que le virus accumule suffisamment de mutations pour compromettre la mise au point d’un vaccin. Pour le moment, aucune preuve d'un changement dans la biologie intrinsèque du virus n'a été apportée. Mais jusqu'à quand ?

Deux souches de Sars-CoV-2 circulent, et la plus virulente représente 70 % des infections

Article de Céline Deluzarche publié le 10/03/2020

Une équipe de chercheurs chinois a identifié deux types principaux de coronavirus Sars-CoV-2, responsables du Covid-19. La deuxième variante, mieux adaptée à la population humaine, serait plus contagieuse et plus virulente. Pas de quoi inquiéter les scientifiques cependant, qui travaillent toujours sur un vaccin.

Chaque année, le virus de la grippevirus de la grippe est différent, ce qui oblige à développer un nouveau vaccin pour tenir compte des mutations subies par le virus. Faut-il craindre un tel scénario pour le Sars-CoV-2, responsable du Covid-19, alors que la course est engagée par les chercheurs du monde entier pour mettre au point un vaccin ? Nous n'en sommes pas encore là, mais des chercheurs chinois viennent de publier une étude montrant que deux types principaux de coronavirus circulent, ce qui expliquerait pourquoi certains cas sont beaucoup plus graves.

La souche d’origine supplantée par une souche plus virulente

Selon l'équipe de chercheurs, qui a publié ses travaux le 3 mars dans la revue National Science Review, le coronavirus se partage en deux types, L et S, qui se distinguent par leurs récepteurs de surface, par lesquels les virus s'arriment et pénètrent dans les cellules humaines. Le type S, à l'origine de l'épidémie, aurait peu à peu été supplanté par le type L, qui se serait adapté à l'espèceespèce humaine en devenant plus virulent et plus contagieux. Ce dernier aurait pris le dessus sur le type S depuis janvier 2020, au fur et à mesure que la pression sélective augmentait sur le type S. À l'heure actuelle, le type L représente 70 % des cas contre 30 % pour la souche S. Cette dernière serait pourtant en résurgence, car provoquant des symptômessymptômes moins sévères, elle est moins bien repérée.
 

Un virus qui mute en permanence

Rien de bien étonnant à tout cela : les virus mutent en permanence pour s'adapter à leur hôte et à l'environnement. C'est ce que l'on appelle le « polymorphisme nucléotidique » (ou SNP pour Single Nucleotide PolymorphismSingle Nucleotide Polymorphism), une mutation qui diffère par un seul nucléotidenucléotide sur une paire de base. Et comme le Sars-Cov-2 est un virus à ARNARN, il a tendance à muter facilement. Les chercheurs chinois ont d'ailleurs identifié 149 variantes mineures parmi les 103 génomes analysés. Ces différences peuvent expliquer en partie pourquoi certaines personnes sont plus atteintes que d’autres. Des chercheurs italiens avaient déjà remarqué que la version italienne du virus était différente de la version chinoise. Ces mutations restent pour l'instant largement insuffisantes pour parler de l'apparition d'un nouveau virus, qui serait insensible contre un futur vaccin contre le Sars-CoV-2.

Le virus a-t-il muté en Iran ?

Certains soupçonnent cependant des mutations de plus grande ampleur. C'est par exemple le cas en Iran, où le taux de mortalité semble particulièrement élevé (5,5 % contre 2 à 3 % dans la population générale). Un pneumologuepneumologue iranien, cité par L’Express, se dit ainsi « interloqué » par le caractère agressif de la maladie. « J'ai l'impression qu'en plus du coronavirus, les patients sont touchés par une sorte de myocardite inflammationinflammation du muscle cardiaquemuscle cardiaque] virale, car l'attaque contre le cœur paraît particulièrement forte et rapide », relate le médecin. D'autres professionnels confirment que le virus paraît ici plus virulent. Mais est-ce parce qu'il a muté, où à cause de l'impréparation des autorités sanitaires ? Dans le doute, l'OMSOMS a envoyé une équipe en Iran, qui devrait être sur place la semaine prochaine.

Ce qui est certain, c'est que plus le virus circule, plus il a de chances de muter en passant d'un individu à l'autre. D'où les efforts pour contenir au maximum l'extension de l'épidémie.