Les chercheurs tentent de remonter le fil des évènements. Que ce soit pour la Chine ou pour chacun des pays touchés par le Covid-19, la date des premiers cas parait établie. Mais, de nombreux éléments montrent que le virus circulait déjà en sourdine bien avant d'être officiellement détecté. C'est ce que montre son « arbre généalogique » génétique.
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Fièvre, toux, détresse respiratoire... Mi-janvier, Aïcha, secrétaire médicalesecrétaire médicale de 57 ans, est hospitalisée à Marseille, avec une maladie respiratoire aiguë. Son mari Jacques, lui-même médecin, décrit à l'AFP « tous les signes cliniques d'un Covid », y compris la perte du goûtperte du goût et de l'odorat. « Si elle avait fait ça mi-février, personne ne se serait posé la question », poursuit Jacques.
À l'époque, la France n'avait rapporté aucun cas de Covid-19. Sa femme enchaîne rechutesrechutes et tests non concluants. « Les radiologues disent : "Quand on voit le scanner, c'est le Covid, mais quand on voit les dates, on se pose des questions". Les pneumologuespneumologues, eux, disent : "c'est pas si simple" », lance Jacques qui témoigne pour sa femme, trop faible. Aïcha pourrait-elle avoir été un cas précoce ?
Un virus bien présent des semaines avant
« On peut dater le début de l'épidémie en utilisant des données d'incidenceincidence (vitessevitesse de propagation) et en étudiant les génomesgénomes des virusvirus. Dans les deux cas, en France, les études identifient la deuxième quinzaine de janvier, indique à l'AFP Samuel Alizon, directeur de recherche au CNRS à l'université de Montpellier. [Mais] il est possible qu'il y ait eu des cas isolés en janvier, avant le premier cas officiel le 24 janvier ». Aux États-Unis, des autopsiesautopsies pratiquées en Californie sur des décès suspects ont révélé des infections avant le premier cas officiel le 21 janvier.
Pour affiner la date d'arrivée du virus dans de nombreux pays, les scientifiques recherchent des « patients zéro » hypothétiques, séquençant le génome du virus pour reconstituer son arbre généalogique. Selon des chercheurs italiens, le virus serait entré en Lombardie entre la deuxième quinzaine de janvier et début février, « des semaines avant » que le premier foyer épidémique y soit confirmé autour du 20 février. Des joueurs de l'Inter de MilanMilan ont-ils pu en être victimes dès janvier ? L'attaquant belge Romelu Lukaku s'interroge : « Nous avons eu une semaine de congé en décembre, puis nous sommes revenus au travail et je jure que 23 joueurs sur 25 étaient malades, a-t-il dit récemment à la radio. Nous n'avons pas fait les tests Covid-19 à l'époque : nous ne saurons jamais » .
Même si des tests sérologiquestests sérologiques identifiaient des anticorpsanticorps dans leur sang, ça ne prouverait pas la date de contaminationcontamination. « On ne peut généralement pas faire remonter à un point précis dans le temps le début d'une épidémie dans un pays précis », explique à l'AFP Erik Volz, épidémiologiste à l'Imperial College à Londres. Les études montrent « un début de l'épidémie au plus tôt mi-janvier ou début février dans beaucoup de villes européennes et nord-américaines », ajoute-t-il, assurant qu'il n'y a « aucune preuve dans les données génétiquesgénétiques actuelles d'une épidémie plus précoce, en dehors de la Chine ».
Ne pourra-t-on jamais remonter au patient zéro ?
Le 31 décembre, Pékin a informé l'Organisation mondiale de la SantéOrganisation mondiale de la Santé (OMS) d'un foyer de pneumoniespneumonies d'origine inconnue à Wuhan, premier épicentreépicentre de l'épidémie. Pour les premiers cas, les autorités sanitaires de Wuhan parlent du 8 décembre. Une étude publiée dans The Lancet évoque l'identification d'un premier patient le 1er décembre.
Les diverses études phylodynamiques -- qui analysent les variations génétiques du virus -- ne contredisent pas ces dates. « Les données vont dans le sens d'une origine probable de l'épidémie en novembre ou en décembre 2019 », indique le Dr Volz. Un rapport de l'Imperial College en collaboration avec l'OMS fait ainsi remonter « l'ancêtre communancêtre commun » du virus au 5 décembre (avec une marge d'incertitude entre le 6 novembre et le 13 décembre). Andrew Rambaut, de l'Université d'Édimbourg, conclut à un ancêtre commun datant du 17 novembre (marge entre le 27 août et le 29 décembre).
“Un nouveau virus circule sans être détecté pendant des semaines avant d'être découvert”
« C'est normal qu'un nouveau virus circule sans être détecté pendant des semaines avant d'être découvert », souligne le Dr Volz. À ce jour, les génomes de plus de 15.000 virus Sars-Cov-2Sars-Cov-2 ont été séquencés, permettant de tracer sa circulation grâce à son évolution génétique. À chaque fois qu'il se réplique, le virus produit des mutations (aucune n'ayant modifié sa virulence). « De temps en temps, par hasard, des mutations se fixent », explique Samuel Alizon.
Pour le Sars-Cov-2, « on compte en moyenne deux mutations par mois qui se fixent, [alors] si vous comparez deux virus, vous pouvez compter combien de mutations les séparent », poursuit-il. En remontant la chaîne, on trouve « l'ancêtre commun à toutes les infections ». Un ancêtre qui se trouvait en Chine. « Tous les virus qui circulent dans le monde descendent des lignées » proches de Wuhan, insiste le Dr Volz.
par Futura avec l'AFP-Relaxnews
le 4 mai 2020
