Covid-19 : un test pour mieux détecter le risque de développer une forme grave grâce à un nouveau marqueur

L'interféron de type I (IFN-I) est une protéine de la famille des cytokines, habituellement produite de manière rapide par le système immunitaire en réponse à une infection virale et qui a pour principal effet d'inhiber la réplication du virus dans les cellules infectées.

Pendant combien de temps le virus de la Covid-19Covid-19 reste-t-il actif dans notre organisme ? Pourquoi certains patients présentent-ils une forme sévère ? Est-il possible d'anticiper la détection de ces potentielles formes graves ? En mai 2020, plusieurs équipes françaises et internationales ont mis en évidence l'absence de détection dans le sang d'IFN-I chez environ 20 % des patients hospitalisés en réanimation  -- étude réalisée sur 44 professionnels de santé des HCL infectés par le SARS-CoV-2SARS-CoV-2 présentant des formes légères et 26 patients hospitalisés en réanimation -- pour une forme grave de la Covid-19. Ce défaut, pouvait notamment être expliqué par la présence d'auto-anticorpsanticorps, qui allaient empêcher son action antivirale.

À la suite de ces travaux, des scientifiques français ont caractérisé la réponse IFN-I anti-SARS-CoV-2 chez des patients présentant des manifestations légères de la Covid-19, ainsi que chez des patients présentant des formes graves, admis en réanimation. Les résultats de ces travaux de recherche sont publiés dans la revue Journal of Experimental Medicine. Les travaux ont été menés par les services cliniques des Hospices Civils de Lyon et du CHU de St-Étienne, des chercheurs de l'Université Claude BernardClaude Bernard Lyon 1, d'Université de Paris, de l'Inserm, du CNRS, et de l'ENS de Lyon au Centre International de Recherche en Infectiologie (équipes VirPath, LYACTS, GIMAP) et du laboratoire commun des Hospices Civils de Lyon - bioMérieux en collaboration avec l'Institut des maladies génétiquesmaladies génétiques Imagine (Hôpital Necker - Enfants malades AP-HPHP Université de Paris).

La mesure de la réponse antivirale interféron de type I (IFN-I) au niveau nasal pourrait être utilisée pour aider à l’identification des patients à risque de transmission du virus de la Covid-19. Cellules infectées par le SARS-CoV-2. © Sébastien Eymieux et Philippe Roingeard, Inserm, Université de Tours

L’interféron serait-il un nouveau marqueur de contagiosité du SARS-CoV-2 ?

Dans cette nouvelle étude, les chercheurs ont mesuré la réponse IFN-I, à partir du même écouvillon que celui utilisé pour le dépistage du SARS-CoV-2 grâce à une technique innovante développée par bioMérieux, le système BIOFIRE® FILMARRAY®. Largement utilisée dans le diagnosticdiagnostic d'autres pathologiespathologies infectieuses, cette technologie repose sur un système de PCRPCR multiplex permettant la préparation, l'amplification, la détection et l'analyse des échantillons en environ une heure.

Aujourd'hui, le test PCRtest PCR détecte bien le matériel génétiquematériel génétique viral mais ne permet pas de définir si le virus est actif (vivant) ou inactif (mort) au moment du prélèvement. Selon les résultats de l'étude, chez les sujets présentant des manifestations légères de la Covid-19, la réponse IFN-I nasale était proportionnelle à la quantité de virus, elle-même liée au risque de transmission. Ces résultats soulignent que la mesure de la réponse IFN-I au niveau nasal pourrait être utilisée comme marqueur d'une infection active en combinaison avec la détection du virus SARS-CoV-2. Cette mesure pourrait ainsi aider rapidement à l'identification des patients à risque de transmission du virus, et réciproquement aider à éviter les mesures de quarantaine aux patients qui ne représenteraient pas ou plus une source possible de contaminationcontamination.

« On a utilisé l’interféron de type I comme marqueur de réplication active du virus, explique le Dr Sophie Trouillet-Assant, chercheuse-associée signataire de l'étude. S'il y a un peu de virus et pas d'IFN-I dans votre prélèvement, vous avez été malade mais n'êtes plus contagieux. À l'inverse, s'il y a une grande quantité de virus et d'IFN-I, cela plaide en faveur d'un isolement ». Elle poursuit son exemple : « Pour les patients à risque de développer des formes graves, c'est encore différent : les prélèvements peuvent contenir une grande quantité de virus mais pas d'IFN-I. Il devient alors possible d'identifier ces profils et de prévenir l'évolution de la maladie ».

Ce test PCR pour prédire le risque d'évolution vers une forme grave de Covid-19

Dans cette même étude, les chercheurs ont démontré que chez des patients possédant des auto-anticorps anti-IFN-I et admis en réanimation pour une forme sévère de la Covid-19, une absence de réponse IFN-I a été mise en évidence dans les prélèvements nasaux qui contenaient pourtant de grandes quantités de particules virales. Ces résultats ont été confirmés dans un modèle mimant en laboratoire ce qui se passe au niveau de l'épithéliumépithélium nasal (développé par l'équipe VirPath) : les auto-anticorps anti IFN-I sont capables d'inhiber l'action antivirale de ces moléculesmolécules, entraînant une réplication virale importante et une perte de l'intégritéintégrité physiologique des épithéliums cultivés in vitroin vitro.

La mesure de la réponse IFN-I au niveau nasal et l'évaluation de la présence d'auto-anticorps dans le sang pourraient ainsi être utilisées pour aider à stratifier les patients et à identifier ceux à risque de développer une forme grave de la maladie, et ce dès le début de l'infection, au moment de l'écouvillonnage pour le dépistagedépistage standard du SARS-CoV-2.

Au-delà des aspects diagnostic et pronosticpronostic, les résultats de cette étude ouvrent des perspectives importantes en termes de stratégie thérapeutique pour les patients atteints de la Covid-19. En effet, des traitements basés sur d'autres types d'interférons non ciblés par les auto-anticorps existent déjà, à l'instar de l'interféron-bêtabêta recombinant. Les chercheurs soulignent leur possible utilité en tant que traitement précoce chez les patients souffrant de Covid-19 présentant un déficit de la réponse interféron, afin de prévenir le développement de symptômessymptômes sévères de la maladie en limitant la réplication virale du SARS-CoV-2.