Un scientifique américain a analysé des séquences génétiques du SARS-CoV-2, prélevées aux premières heures de la pandémie, qui ont été supprimées des bases de données. Les conclusions de cette « exhumation » sont-elles solides ? Que nous apprennent-elles sur l'origine de la pandémie ?
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L'origine de la pandémie de Covid-19 est encore nimbée de mystère et au cœur de nombreuses théories, parfois tirées par les cheveux. Les scientifiques de l'OMS, en mission en Chine début 2021 sur les traces des premières heures de l'épidémie, n'ont pas rendu de conclusion tranchée. Bien qu'elle refasse souvent surface dans les médias, la théorie d'un accident de laboratoire est jugée comme la moins probable. Concernant le rôle du marché exotiqueexotique de Wuhan, il reste à définir. L'Organisation mondiale de la santéOrganisation mondiale de la santé (OMS) a conclu que le coronavirus s'est bel et bien propagé dans le marché, mais l'évènement zoonotique n'a visiblement pas eu lieu entre ses étals.
Un généticiengénéticien spécialiste de l'évolution de virus au Hutchinson CancerCancer Research Center de Seattle s'intéresse aussi aux origines du SARS-CoV-2SARS-CoV-2. En quête des premières séquences génétiquesgénétiques isolées à Wuhan, il a remarqué que plusieurs d'entre elles, autrefois publiées dans la base de donnéesbase de données NIH Sequence Read Archive, par les auteurs d'une publication parue ultérieurement dans Small, ont été retirées à leur demande. Néanmoins, elles sont toujours présentes dans les figures de la publication. Jesse BloomBloom a analysé ces séquences qui sont passées inaperçues.
Faire parler les séquences oubliées
Dans son travail, Jesse Bloom explique qu'il y a une « énigme » concernant la phylogéniephylogénie du SARS-CoV-2. Les premières séquences isolées de ce virus, au début de la pandémie chez des patients ayant fréquenté le marché de Wuhan, divergent plus de RaTG13, le coronavirus de chauve-souris le plus proche du SARS-CoV-2, que les séquences isolées plus tard, alors que la pandémie progressait hors de Chine. La logique voudrait que les séquences du début de la pandémie soient les plus proches des coronavirus portés par les chauves-sourischauves-souris.
Parmi les 50 séquences exhumées, Jesse Bloom a reconstitué un morceau du génomegénome, allant de la protéineprotéine S à l'ORF10, pour 13 d'entre elles. De l'analyse des mutations présentes, il en tire deux hypothèses. Premièrement, le progéniteur putatif du SARS-CoV-2 serait une souche qui diverge des premières souches identifiées à Wuhan d'au moins trois mutations, tel que cela a été décrit dans une publication de Molecular Biology and Evolution en mai 2021. La deuxième hypothèse stipule que le progéniteur possède ces trois mutations : C8782T, T28144C, et C29095T. Dans ces deux cas, il serait plus proche des coronavirus de chauve-souris que les souches de SARS-CoV-2 les plus précoces à notre disposition.
Un papier intrigant
Ce papier, qui diffère des canons de la littérature scientifique par son ton, mais aussi sa forme, a reçu un accueil mitigé de la communauté scientifique. Prépublié sur BiorXiv, il paraît difficilement publiable dans une revue à comité de lecture en l'état. « Le langage de l'article est inhabituel, il contient un degré important de suppositions et de conjectures, cite des articles de blogsblogs et semble indiquer une dissimulation délibérée par les autorités chinoises des premières données de séquence de Wuhan. Cependant, il s'agit d'une évaluation entièrement subjective de la situation, qu'il sera très difficile de confirmer ou d'infirmer », réagit Andrew Preston, professeur de microbiologie à l'université de Bath. Aucune étude statistique n'a été réalisée pour évaluer la probabilité et la solidité des hypothèses avancées.
Cette publication intrigante ne semble pas assez solidesolide pour être sérieusement considérée par la communauté scientifique, d'autant qu'elle n'apporte pas de réelle nouveauté concernant l'origine du SARS-CoV-2. « L'article ajoute une discussion supplémentaire sur la difficulté d'identifier les tout premiers patients de l'épidémie (c'est-à-dire le patient zéropatient zéro), mais l'article s'oriente vers des domaines non scientifiques tels que les dissimulations et la rétention délibérée de données », conclut Andrew Preston.
