Ce sont plus de 2.600 cancers qui ont été analysés pour une étude hors normes parue dans Nature. Près de 1.300 chercheurs ont disséqué leurs génomes pour établir une vue d’ensemble des mutations génétiques à l’origine de 38 cancers différents.
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C'est un projet de recherche hors normes qui a mobilisé plus de 1.300 chercheurs de 200 instituts différents pendant une décennie. L'objectif du « Pan-Cancer of Whole Genomes Analysis Project » est ambitieux : comparer le génome complet de tumeurs isolées de 2.600 patients avec des tissus sains pour un éventail de 38 cancers.
Les résultats de ce travail ont été compilés en 20 publications dans la revue Nature et publiés le 5 février 2020. Quelles sont les nouveautés apportées par ce travail de titantitan ?
81 mutations qui signent un cancer
Le point fort de ce projet est le séquençage et l'étude du génome complet des cellules cancéreuses, qui sont devenues malignes suite à une altération génétique. L’analyse de plus de 4.645 génomes complets a permis aux scientifiques d'établir une carte des mutations génétiques.
Elle regroupe 81 mutations signatures d'un cancer. Parmi elles, on dénombre 49 substitutions d'un nucléotidenucléotide, 11 substitutions de deux nucléotides, 4 substitutions dans des clusters de gènegène et les traces de 17 insertions-délétionsdélétions.
Pour simplifier les choses, les chercheurs ont émis l'hypothèse que chaque mutation signature est le résultat d'un évènement. Elles peuvent être dues à plusieurs facteurs comme l'âge ou l'environnement, d'autres mutations sont héréditaires.
De nouvelles mutations pilotes identifiées
De plus, d'autres mutations, appelées « driver mutation » qu'on pourrait traduire par mutations pilotes, déterminent le développement du cancer. Celles connues apparaissent dans des gènes codants.
Le projet Pan-Cancer a pu en identifier de nouvelles intervenant dans les parties non codantes du gène (comme le promoteur). Elles seraient quatre à cinq par génome de cellules malignes, bien que dans 5 % des cas aucune n'ait pu être identifiée.
D'autre part, des cancers qui touchent des organes différents peuvent avoir des mutations pilotes communes : « Nous avons trouvé un type de cancer du seincancer du sein qui aurait le même type de mutation pilote que le cancer de la prostatecancer de la prostate », explique à l'AFP, Joachim Weischenfeldt, un scientifique de l'université de Copenhague ayant participé au projet.
Une nouvelle donnée que les scientifiques espèrent exploiter en tant que cible thérapeutique. « Si nous pouvons comprendre ce qui provoque l'accumulation des mutations, la prolifération de certains clonesclones aux dépens d'autres, quels modes de vie adopter pour garder cet équilibre, alors nous pouvons réfléchir aux moyens d'intervenir en amont, en vue de prévenir ou de ralentir l'émergenceémergence de cancers intraitables », conclut Peter Campbell, membre du comité de pilotage du projet Pan-Cancer.
