Cette forêt tempérée chaude, et sempervirente (toujours verte, donc), sur l'île montagneuse presque circulaire de Yakushima. À 60 km au large de la pointe sud de l'île de Kyushu, dans l'extrémité sud-ouest de l'archipel japonais, elle se trouve à l'interface des régions paléarctiques et orientales. Des montagnes de près de 2.000 m de hauteur dominent l'île, et la forêt se trouve en son centre, avec des ramifications vers le sud, l'est et l'ouest jusqu'à la côte.

L'écosystème insulaire de Yakushima est unique dans la zone tempérée de l'hémisphère nord. La distribution verticale des plantes va de la végétation côtière, avec des éléments subtropicaux à une forêt pluviale tempérée de montagne puis à des marais d'altitude et enfin à des prairies tempérées froides de bambous sur les pics centraux.

À l'échelle mondiale, la forêt de Yakushima est spécifique, en raison de son écosystème particulier, avec des rhéophytes et des épiphytes abondants, adaptés aux fortes précipitations, supérieures à 8.000 mm par an. Elle accueille quelque 1.900 espèces et sous-espèces de flore, 16 espèces de mammifères et 150 espèces d'oiseaux. On y trouve le cèdre du Japon (Cryptomeria japonica) et une forêt vierge composée d'arbres appelés Yakusugi, qui ont plus de mille ans d'âge.

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