Par son aspect, le manchot de Humboldt ressemble un peu à celui du Cap. Seule la zone géographique les distingue véritablement. Il vit en petites colonies, ou rookeries, et niche dans des anfractuosités rocheuses ou dans des terriers creusés sous le guano. C'est un oiseau sédentaire qui ne migre pas. Il est également dépendant des eaux froides du courant dont il porte le nom pour s'alimenter, et craint les effets d'El Niño sur la quantité de zooplancton nécessaire aux poissons dont il se nourrit.

Les intempéries provoquées par ces épisodes chauds, provoquent parfois l'effondrement des terriers, entraînant une mortalité importante. S'il se déplace maladroitement sur le sol, il « vole » littéralement lorsqu'il est dans l'eau ou il fait preuve d'une dextérité et d'une vitesse stupéfiante. L'espèce est vulnérable aux prédateurs marins que sont les orques, les requins, les otaries à crinière, et sur terre aux incursions des renards et de l'exploitation des œufs et du guano par les hommes.

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