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De nombreuses pistes ont été suivies mais aucune n'a encore obtenu un support unanime par la communauté scientifique. Plusieurs travaux soutiennent une interaction possible entre les pigments fluorescents du tissu animal et les alguesalgues symbiotiques unicellulaires qui opèrent la photosynthèsephotosynthèse, appelées les zooxanthelleszooxanthelles.
D'aucuns soutiennent que les pigments joueraient un rôle de « filtre solaire » pour protéger les algues exposées à un rayonnement trop intense.
L'interaction avec les zooxanthelles, ces algues unicellulaires
Déjà 1944, Siro Kawaguti supposait que la fluorescence verte des animaux transforme des ondes courtes nocives présentes dans le rayonnement lumineux afin qu'elles puissent être exploitées par les algues symbiotiques, les zooxanthelles (Kawaguti 1944).
C'est sans doute pour cette même raison qu'on observe en général que les coraux fluorescents affichent une résistancerésistance accrue au phénomène de blanchissement caractérisé par une perte des zooxanthelles. De même la répartition prédominante des morphes fluorescentes d'Anemonia sulcata en eau peu profonde serait une indication de cette fonction photo-protective (Wiedenmann et al. 1999, 2007).
Anya Salih et ses collègues en vinrent à la même conclusion, lorsque dans ses recherches elle découvrit la plus grande quantité de coraux fluorescents dans les zones d'eau les moins profondes de la Grande Barrière en Australie. À l'inverse, la transformation de la lumière bleue des profondeurs en émission fluorescente permettrait d'augmenter la quantité de longueurs d'onde utiles nécessaire au processus de photosynthèse au sein des chloroplasteschloroplastes (Salih et al. 2000).
Ainsi, des pigments fluorescents visant à améliorer le rendement photosynthétique ont été mis en évidence dans le corail de mer Rougemer Rouge Leptoseris fragilis à de grandes profondeurs (Schlichter et al. 1986 ; Schlichter & Fricke 1990).
La fluorescence du corail, un moyen de défense ?
De manière non exclusive avec ce qui précède, certains scientifiques avancent que la fluorescence serait utilisée à des fins stratégiques de défense du corailcorail pour changer son aspect visuel afin de détourner ses prédateurs (tels que poissonspoissons papillons).
Des organismes comme Æquorea victoria, Renilla reniformis, ou Obelia geniculata utiliseraient cette lumière pour attirer des organismes chaperons. Ceux-ci vont repousser les prédateurs naturels, un peu à l'image du bernard-l’hermite qui se pare d'anémones sur sa coquille, afin de repousser les prédateurs.
