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Le système MOSE a été officiellement proposé en 1981, puis adopté par le Consorzio Venezia Nuova, dès sa nomination par le gouvernement italien, en 1987, comme concessionnaire unique pour les études et les travaux relatifs à la loi spéciale pour Venise de 1973.
Juge et partie en situation de monopole, le Consorzio Venezia Nuova s'est limité à proposer avec insistance, depuis deux décennies, le pharaonique projet MOSE comme seule solution possible contre l'acqua alta, en ne laissant aucune place à des projets alternatifs. Or, avec sa structure entièrement submergée, ce projet, tel qu'il est conçu actuellement, est non seulement très lourd, compliqué et horriblement cher (de constructionconstruction comme d'entretien), mais également nuisible ou peu efficace à court terme, à moyen et à long terme.
Le court terme comprend surtout la longue période de travaux (au moins huit ans), pendant laquelle les impacts sur l'environnement vont être très lourds (avec, entre autres, plusieurs millions de mètres cubes de vase dragués aux entrées lagunaires, des bétonnages systématiques, et même la création d'une île artificielle en bétonbéton). Le trafic portuaire sera également pénalisé au cours de cette longue période de construction.
Sur le moyen terme, si les profondeurs des passes ne sont pas nettement diminuées, les déséquilibres sédimentologiques et hydrodynamiques actuels seront maintenus ou aggravés, avec une accélération de la transformation de la partie centrale de la lagune en un bras de mer. Sur le long terme, enfin, si une augmentation du niveau de la mer devait se produire, comme le prévoient les modèles climatiquesmodèles climatiques, les éclusesécluses du MOSE pourraient peut-être contribuer à écrêter les pointes des surcotessurcotes marines mais, avec l'allongement des périodes de fermeture, elles seraient incapables d'éviter des inondationsinondations de plusieurs dizaines d'heures dans les parties les plus basses de la ville de Venise.
L'acceptation, par le Comitatone, des onze conditions posées par la ville de Venise, implique la rapide mise en place d'essais ayant pour but de freiner les marées et l'acqua alta. Les résultats de ces essais, largement prévisibles, devraient à leur tour amener à une révision du projet, en le rendant moins pharaonique et plus compatible avec l'environnement lagunaire. Dans l'intérêt de Venise, de sa lagune, et du contribuable italien qui paiera la facture des travaux, vu l'immense écart de prix, d'efficacité probable et d'impacts sur l'environnement entre le MOSE et les quelques solutions alternatives qui commencent à voir le jour, il semble souhaitable que ces dernières soient sérieusement évaluées et comparées, afin d'aboutir rapidement à une solution qui permette d'envisager avec plus de confiance, si non le prochain siècle, au moins les prochaines décennies.