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Même si ce n'est plus vrai dans les pays développés, les produits de la pêchepêche dans les cours d'eau restent une source de revenu importante dans les pays en développement qui disposent d'un bassin important et actif. Les aires inondables tropicales, en particulier, présentent une grande richesse biotique grâce à l'alternance entre basses eaux et hautes eaux.
De nombreuses sociétés y vivent de la pêche, et aussi d'autres activités engendrées par la fertilité du milieu (riziculture, élevage). Les aménagements tels que les barrages, les digues, les régularisations de cours détruisent le processus de renouvellement naturel des ressources, qui ne peut plus être remplacé. Sur les cours d'eau tropicaux, la tendance est à une gestion intégrée des ressources, destinée à tenir compte en même temps des multiples filières de production et de leurs nombreux acteurs.
En Guyane, le laboratoire d'hydrobiologie du Centre IRDIRD s'est presque exclusivement consacré, depuis 1989 à l'étude de peuplements de poissonspoissons. Les problématiques abordées sont les relations entre habitat et assemblages de poissons d'une part et d'autre part les stratégies vitales et la structure des assemblages. Le principal programme de recherches concerne l'écologieécologie des assemblages de poissons dans une rivière barrée en milieu tropical humide.
L'IRD étudie également depuis 1986 la géographie de la pêche dans le DeltaDelta Central du Niger au Mali. Ces travaux peuvent servir d'exemple méthodologique (systèmes d'information géographique pour la gestion de la pêche, traitement des données temporelles), et contribue en même temps à proposer ultérieurement des exemples de gestion de ressources naturelles renouvelables dans le cadre du développement viable de système de production.