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Ancien élève de l'ENA, Conseiller maître à la Cour des comptes, où il a notamment exercé les fonctions d'avocat général, il a été, de 1997 à 2002, Directeur des Affaires Économiques et Internationales du Ministère de l'Équipement, des Transports et du Logement.
Il a également occupé les fonctions de Directeur adjoint du cabinet de Bernard Pons, Ministre de l'Équipement, du Logement, des Transports et du Tourisme (de 1995 à 1997), et Directeur de cabinet d'Hervé Gaymard, Ministre de l'Agriculture, de l'Alimentation, de la PêchePêche et des Affaires rurales (de 2002 à 2004).
Professeur associé à l'Institut d'Études Politiques de Bordeaux (de 1992 à 1994) et à l'Université Nouvelle de Cergy-Pontoise (de 1994 à 2000), il a également enseigné pendant dix ans en tant que maître de conférencesmaître de conférences à l'Institut d'Études Politiques de Paris.
Né en Vendée en 1956, Jean-Yves Perrot est Commandeur dans l'ordre du Mérite agricole et Chevalier dans l'ordre national du Mérite.