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À première vue, les sols peuvent sembler des milieux morts. Mais ils sont au contraire grouillants de vie. Une vie essentielle notamment à assurer les cycles de nutriments dans les écosystèmes. C'est pourquoi une équipe de chercheurs a mené une étude globale sur les sols. Leurs résultats laissent entendre que bactéries et champignons sont en constante compétition pour les nutrimentsnutriments. Et qu'ils produisent un véritable arsenal d'antibiotiquesantibiotiques destinés à prendre l'avantage l'un sur l'autre.
Des résultats obtenus en analysant près de 60.000 échantillons de sol collectés sur quelque 1.450 sites répartis dans le monde entier, mais sélectionnés pour être vierges d'activité humaine. L'étude montre que les sols plus riches en champignons présentent une diversité bactérienne moindre. La présence de champignons encourage par ailleurs celle de bactéries résistantes à certains antibiotiques.
Cette étude pourrait permettre de préciser comment les gènes qui conduisent à la résistance aux antibiotiques se propagent. Et de localiser les endroits dans lesquels la production d’antibiotiques naturels est la plus élevée. © Hildebrand/Krolik incollaboration with Campbell Medical Illustration, EMBL
Le microbiome impacté par le climat et les activités humaines
L'étude apporte d'autres informations. La diversité génétique des bactériesbactéries est plus importante dans les zones tempérées au climat modéré. Et celles-ci apprécient tout particulièrement les endroits chauds et humides. Les champignons en revanche préfèrent les climats froids et secs. Selon les continents, les populations de champignons prélevées sont différentes.
Enfin, une comparaison avec des échantillons de terrains agricoles ou de jardins révèle des rapports bactéries, champignons, antibiotiques radicalement différents. Une preuve de l'impact des activités humaines sur le microbiomemicrobiome du sol. Avec de conséquences encore inconnues.
