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La pollution agricole provient prioritairement d'une utilisation excessive de produits phytosanitairesproduits phytosanitaires. En Martinique, par exemple, ce sont chaque année près de 2 000 tonnes d'insecticidesinsecticides, de pesticidespesticides et de fongicidesfongicides (Direction de l'AgricultureAgriculture et de la Forêt, 1994) et plusieurs milliers de tonnes d'engrais qui sont utilisées.
Voyage sous-marin. © Leningrad1975, Fotolia
Bien qu'aucune étude n'ait quantifié l'impact de ces produits sur l'environnement sous-marinsous-marin et particulièrement sur les platures coralliennes, tout porteporte à croire que les pluies tropicales qui lessivent les sols agricoles, transportent des particules toxiques (en direction des baies) qui se déposent dans les sédimentssédiments marins et se fixent dans les tissus de la faunefaune sous-marine. Des mesures effectuées dans la baie de Fort-De-France (Pellerin-Massicotte, 1991) soulignent les fortes teneurs en pesticides retrouvées dans les huîtres, par exemple. Les produits incriminés sont le DDT (Dichloro-diphényl-trichlorétane : insecticide très toxique dont l'usage est prohibé en France et en Europe depuis plusieurs années) et le PCB (PolychlorobiphénylePolychlorobiphényle : composé chimique dont la décomposition produit des furannes et des dioxinesdioxines dont les doses mesurées dépassent largement les seuils de toxicitétoxicité couramment admis).
En Guadeloupe, bien qu'on utilise moins de produits phytosanitaires qu'en Martinique, environ 900 tonnes par an (DAF, 1991), les sels minérauxminéraux libérés par ces produits s'accumulent dans les baies et favorisent la prolifération d'alguesalgues filamenteuses qui recouvrent les platures coralliennes et les étouffent progressivement : l'eutrophisationeutrophisation du milieu est en cours ; les coraux disparaissent alors graduellement.
À cette pollution chimiquepollution chimique, particulièrement nocive et sournoise, s'en ajoute une autre tout aussi destructrice : l'hyper sédimentationsédimentation
L'hyper-sédimentation des baies : La baie de Fort-De-France (la plus grande baie de l'île de la Martinique) sert d'exutoire aux rivières qui drainent le centre de l'île.
Après avoir traversé les domaines agricoles (bananeraies, champs de cannes à sucresucre, etc.) des communes de Saint Joseph, de Ducos, du Lamentin ou encore de Rivière Salée, ces rivières, gorgées de sédiments terrigènes, se jettent dans la baie où elles déposent leur impressionnante charge sédimentaire. D'après des mesures effectuées par la Direction Départementale de l'ÉquipementDirection Départementale de l'Équipement (1984), la rivière Lézarde déposerait, en moyenne, chaque année 100000 m3 de sédiments dans la baie de Fort-de-France alors que les rivières Monsieur et Salée en déposeraient respectivement 45000 m3 et 90000 m3. Chaque année, l'ensemble des rivières qui alimentent la , fournirait ainsi 550000 m3 de sédiments. Au rythme actuel de l'envasement, les fonds marins se dépeuplent et les rares platures coralliennes encore présentes sont progressivement recouvertes par une véritable chapechape sédimentaire. Cette situation est d'autant plus alarmante que la baie de Fort-De-France était considérée comme l'un des plus beaux sanctuaires coralliens.
En Guadeloupe aussi, l'hyper sédimentation des baies et des culs-de-sac est à l'origine de dégradations irréversibles. La déforestationdéforestation massive des versants, organisée dès le milieu du XVlle siècle à des fins agricoles, et la destruction progressive des mangrovesmangroves littorales qui filtraient et retenaient les sédiments terrigènes, ont entraîné l'arrivée massive de sédiments qui, en réduisant le niveau d'éclairement sous-marin et en colmatant les pleures coralliennes, ont favorisé leur disparition.
Si l'agriculture moderne est en partie responsable de la disparition des colonies coralliennes, les nombreux travaux côtiers réalisés ces dernières années en Martinique (extensions du port de Fort-De-France et de l'aéroport, constructionsconstructions de routes littorales, etc.) et en Guadeloupe (port de Saint-François, marina de Pointe-à-Pitre, zone industrielle de Jarry, etc.) ont favorisé une augmentation de la turbidité des eaux côtières et par conséquent ont accru l'hyper sédimentation. La disparition des platures coralliennes est bien un phénomène anthropique.