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Dans le génome, le copier/coller brouille les cartes. Des pans entiers d'ADN, comportant des dizaines à des centaines de milliers de paires de bases (les « lettres » du code génétique), sont dupliqués un certain nombre de fois, sans que l'on sache vraiment pourquoi. Pire, cette duplication varie d'un individu à l'autre. Appelées CNV (copy-number variants), ces régions variables du génome peuvent même être absentes chez certains.
Cela, on le savait déjà. Mais deux études viennent de compliquer encore le tableau. En étudiant le génome de 270 personnes aux ancêtres européens, asiatiques et africains, une équipe internationale a comptabilisé très exactement 1 447 régions CNV, représentant pas moins de 12 % du génome humain. Ce chiffre énorme ne signifie pas pour autant qu'il existe seulement 88 % de gènes communs entre les individus, ce qui serait impossible. On doit le lire de la manière suivante : "l'ensemble des régions du génome susceptibles de présenter des variations entre deux individus représentent 12 % du total
". D'une personne à l'autre, seule une petite proportion de ces 12 % est différente.
De vous à moi, quel pourcentage ?
L'équipe estime que la différence moyenne entre deux êtres humains pris au hasard est d'environ 0,5 %. Les responsables de l'étude précisent eux-mêmes que leur estimation est approximative. « J'ai essayé de faire le calcul et c'est très compliqué, avoue Matthew Hurles, du Wellcome Trust Sanger Institute (Cambridge, Royaume-Uni). Tout dépend de la manière dont vous comptez. ». Le résultat est d'autant plus imprécis que l'étude n'a dépisté que les CNV de plus de 50 000 paires de bases ; or, on sait qu'il en existe beaucoup de tailles plus petites. Curieusement, on peut remarquer au passage que cette valeur complémentaire de 99,5 % est celle qui vient d'être donnée pour la différence entre l'homme moderne et l'Homme de Neandertal...
On croyait bien la connaître, cette molécule d'ADN.
Mais un demi-siècle après sa découverte, elle déconcerte encore…
L'un des membres de l'équipe, Stephen Scherer (Hospital for Sick Children, Toronto, Canada), a mené de son côté une autre étude sur les deux séquences du génome humain actuellement connues, celle du consortium international et celle de Celera Genomics. Elle a repéré 220 régions variables et a également recherché des zones appelées SNPSNP (single-nucleotide polymorphisms) portant de minuscules différences, n'affectant qu'une seule paire de bases. L'équipe a détecté 1,5 million de SNP.
Il est clair qu'il faut désormais s'atteler à la cartographie des régions variables car elles détiennent à coup sûr des clefs pour comprendre des maladies d'origine génétique. Un gène humain sur dix, d'après la première équipe, serait entrecoupé par des CNV. On impute déjà à ces régions variables d'être impliqués dans des prédispositionsprédispositions à plusieurs maladies, comme celle d'AlzheimerAlzheimer ou le SidaSida. Le projet international HapMap cherche actuellement à traquer les SNP. Il faudra aussi penser aux CNV...
