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La plupart des conifères produisent, sur le même pied, des cônescônes mâles et des cônes femelles. Il s'agit alors d'espècesespèces dites monoïques, quelques-unes pouvant toutefois être dioïques, comme l'araucaria.
Les espèces monoïques produisent des milliers de grains de pollen (gamétophytes mâles) qui ont soit deux ailes, soit aucune. Libérés au printemps, ces grains sont transportés par le ventvent jusqu'aux cônes femelles. Ces derniers sont constitués d'un ensemble de feuilles modifiées, des bractéesbractées, munies d'une large écaille qui porteporte l'ovuleovule. Les bractées et les écailles peuvent être séparées ou fusionnées. Chaque écaille porte généralement deux ovules, à l'intérieur desquels se développe un gamétophyte femelle, contenant un ou plusieurs œufs.
Stade de la fécondation
Le pollen pénètre dans l'ovule de la plante par une ouverture appelée micropyle et germegerme, produisant un tube pollinique qui se développe dans le tissu de l'ovule. Le tube pollinique atteint un gamétophyte femelle et libère alors deux gamètesgamètes mâles dans un œuf. L'un de ces spermatozoïdesspermatozoïdes fécondera l'œuf, et l'autre dégénérera.
Le noyau de l'œuf fécondé va se diviser et former un gros embryonembryon. Dans un même ovule, plusieurs œufs peuvent être fécondés, et chacun peut former un embryon, un seul devant survivre. Les embryons forment deux ou plusieurs feuilles embryonnaires, les cotylédons. Le développement de l'embryon, qui deviendra un nouvel individu, complétera le cycle biologique des conifères. L'ovule parvenu à maturité, qui contient un gamétophyte femelle et un embryon, sera une graine.
Dispersion et germination des graines
Chez les conifères, les graines atteignent leur maturité à l'automneautomne, l'année de la pollinisation. Chez certains, les pins notamment, les graines parviennent à maturité après deux saisonssaisons de croissance. La plupart sont pourvues d'une ou de deux ailes. Les cônes s'ouvrent à l'automne et les graines sont alors dispersées par le vent. Chez la majorité des espèces de conifères des zones tempérées, les graines doivent subir une période de refroidissement avant de germer. Pendant la germination, la racine primaire pénètre dans le sol et se ramifie. La jeune pousse porte des cotylédons, mais forme bientôt des feuilles juvéniles et des branches latérales.