Alors que la pandémie mondiale a émergé en Chine, le coronavirus à l’origine de cette épidémie pourrait en réalité provenir de chauves-souris habitant au Cambodge. Le virus aurait ensuite été importé en Chine via le pangolin puis diffusé massivement dans des élevages.
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Et si le SARS-CoV-2 avait finalement émergé au Cambodge ? Alors que les experts de l'Organisation mondiale de la santéOrganisation mondiale de la santé (OMS) sont actuellement en mission en Chine pour remonter les origines du coronavirus, une équipe du Muséum national d'Histoire naturelleMuséum national d'Histoire naturelle (MNHN) a retrouvé sa trace au nord du Cambodge. L'histoire commence en 2010 lorsque les scientifiques explorent plusieurs sites au nord du Cambodge afin d'étudier les chauves-sourischauves-souris de la région du temple de Preah Vihear. On sait en effet que certaines espècesespèces sont un réservoir pour les sarbecovirus, un sous-genre de coronavirus à l'origine notamment des épidémies de SRAS de 2003 et de Covid-19.
Des variants similaires à 93 % au SARS-CoV-2
Conservés pendant 10 ans dans un congélateur à -80 °C, les échantillons ont récemment été testés par des chercheurs de l'Institut Pasteur du Cambodge (IPC) qui ont en effet trouvé deux échantillons contenant des sarbecovirus. Après séquençage, deux variants d'un nouveau virusvirus proche du SARS-CoV-2, nommés RshSTT182 et RshSTT200, ont été décrits par les chercheurs sur le site de prépublication bioRxiv. « Ce virus présente une similarité de 93 % avec le SARS-CoV-2 », atteste Alexandre Hassanin, chercheur au MNHN et coauteur de l'étude. Une autre équipe de l'université de Tokyo a par ailleurs découvert un autre sarbecovirus nommé Rc-o319, phylogénétiquephylogénétique situé dans le même cladeclade que le SARS-CoV-2.
Une explication à l’immunité relative des populations asiatiques
« Cela signifie que les virus apparentés au SARS-CoV-2 circulent depuis plusieurs décennies dans toute l'Asie du Sud-Est et le Yunnan via plusieurs espèces de [chauve-souris] Rhinolophus qui échangent ces virus dans les grottes où elles se côtoient régulièrement », poursuit le chercheur. Une autre donnée corrobore l'hypothèse du Cambodge, « les populations humaines du Cambodge, du Laos, de Thaïlande et du Vietnam semblent beaucoup moins impactées par la pandémiepandémie de Covid-19 que les autres pays de la région. Cela suggère que les populations de ces quatre pays pourraient bénéficier d'une meilleure immunité collectiveimmunité collective vis-à-vis des sarbecovirus », note Alexandre Hassanin sur le site The Conversation. Plusieurs études estiment en effet que les Asiatiques auraient croisé plusieurs fois des coronavirus, ce qui leur confèrerait une certaine immunité naturelle contre le SARS-CoV-2.
Le virus exporté en Chine via le pangolin
Mais alors, comment ces virus ont-ils atterri en Chine ? Ressurgit ici l'hypothèse du pangolinpangolin. Des souches de coronavirus proches du SARS-CoV-2 ont en effet été isolées chez ce mammifère, mais le mammifèremammifère en danger d'extinction avait finalement été mis hors de cause car les souches sont trop éloignées pour en être les parents directs. Si le pangolin n'est pas directement en cause dans la transmission du SARS-CoV-2 à l'Homme, il pourrait en revanche être responsable de son exportation en Chine, estime Alexandre Hassanin.
Plusieurs pangolins porteurs de coronavirus ont en effet été saisis par les douanes chinoises dans la province de Guangxi en 2017-2018 et dans la province de Guangdong en 2019. « Ces pangolins étaient très malades, notamment en raison de la prolifération des sarbecovirus dans leurs poumonspoumons. Ainsi, ces animaux présentaient une charge viralecharge virale très importante et ils étaient hautement contagieuxcontagieux, souligne Alexandre Hassanin. Certains de ces animaux ont pu croiser la route de petits carnivorescarnivores d'élevage, qui ont alors contaminé très rapidement leurs congénères [...]. Cet effet "boule de neige" pourrait être la dernière étape à l'origine de la pandémie de Covid-19. » Une étude publiée en janvier dans Science met ainsi en cause les élevages de visons, qui ont été massivement frappés par le SARS-CoV-2. La Chine est l'un des principaux pays exportateurs de fourrure de vison.
Le coronavirus est resté caché plus de 40 ans dans les chauves-souris avant d'émerger
Article de Nathalie MayerNathalie Mayer, publié le 02/08/2020
S'il est si important de retrouver l'origine du coronavirus responsable de la pandémie de Covid-19, c'est parce qu'ainsi, de futures crises sanitairescrises sanitaires pourraient être évitées. Et justement, une équipe internationale de chercheurs annonce aujourd'hui que la lignée de virus dont est issu le SARS-CoV-2 circule chez la chauve-souris depuis au moins 40 ans.
Il y a quelques jours, la virologue chinoise Shi Zhengli, rendue célèbre par son travail sur les virus de la chauve-souris, revenait sur les théories du complot qui prétendent que le coronavirus responsable de la pandémie de Covid-19 s'est échappé de l'Institut de virologie de Wuhan (Chine) où elle travaille. Réfutant ces théories avec force et conviction, elle rappelait que la recherche de l'origine d'un virus est une tâche scientifique des plus difficile.
C'est sans doute pourquoi il aura fallu mobiliser une équipe internationale et pluridisciplinaire pour tenter d'y voir plus clair quant à l'origine du SARS-CoV-2. D'autant que les coronavirus disposent d'un matériel génétiquematériel génétique hautement recombinant. En d'autres mots, différentes régions de leur génome peuvent être dérivées de plusieurs sources. Pour reconstruire l'histoire évolutive de ce coronavirus en particulier, il aura donc d'abord fallu identifier toutes les régions qui se sont recombinées. Ensuite, il aura fallu reconstruire les histoires phylogénétiques des régions non recombinantes. Puis les comparer les unes aux autres pour voir quels virus spécifiques ont pu être impliqués dans des événements de recombinaisonrecombinaison par le passé.
Un travail méticuleux qui a permis aux chercheurs de reconstruire finalement les relations évolutives entre le SARS-CoV-2 et ses virus connus les plus proches. Et de conclure que la lignée à laquelle ce coronavirus appartient s'est différenciée des autres il y a environ 40 à 70 ans. Mais aussi que même si le SARS-CoV-2 est génétiquement très proche - à environ 96 % - du RaTG13, identifié en 2013 dans la province du Yunnan (Chine), il s'en est écarté dès 1969.
Miser sur la prévention
Les chercheurs ont aussi découvert que l'un des traits les plus anciens que le SARS-CoV-2 partage avec ses parents est justement celui qui lui permet de reconnaître et de se lier aux récepteurs situés à la surface des cellules humaines. De quoi imaginer que d'autres virus susceptibles d'infecter les humains circulent depuis longtemps au sein des populations de chauve-souris chinoises.
Mais pas sans un intermédiaire... Ou peut-être que si. Car les chercheurs affirment que, s'il est possible que le pangolin ait fait figure d'hôte intermédiaire pour le SARS-CoV-2, il n'existe aucune preuve qui suggère que l'infection par des pangolins soit un indispensable pour que les virus de la chauve-souris sautent la barrière des espèces jusqu'aux Hommes. Ces derniers travaux suggèrent au contraire que le SARS-CoV-2 a probablement développé, grâce aux propriétés généralistes de ses ascendants, la capacité à se répliquer dans les voies respiratoires supérieures des humains et des pangolins.
Le saviez-vous ?
Une autre étude recommande de miser sur la prévention. Car selon les chercheurs, les coûts des efforts de prévention – lutte contre la déforestation et régularisation du commerce des espèces sauvages, par exemple – seraient jusqu’à 500 fois inférieurs aux coûts des mesures nécessaires pour lutter contre une pandémie (mesures économiques et sanitaires) et aux coûts de ses conséquences (décès).
« Ce ne sera pas notre dernière pandémie de coronavirus », prévient Macej Boni, biologiste, dans un communiqué de l’université de Penn State (États-Unis). « Un système de surveillance beaucoup plus complet et en temps réel doit être mis en place pour maîtriser ce type de virus avant que le nombre de cas atteigne la centaine. » Pour ce faire, les chercheurs appellent à un meilleur échantillonnageéchantillonnage des chauves-souris sauvages avec l'objectif d'identifier les virus les plus à risque.
Sars-CoV-2 : les arguments se multiplient en faveur d'une origine naturelle
Virus ayant muté, recombiné, fabriqué de toute pièce en laboratoire ? Le coronavirus, responsable de la maladie du Covid-19, nourrit d'extravagantes théories, parfois complotistes. Quant à eux, les scientifiques poursuivent leurs recherches et rassemblent leurs connaissances en génétique, en virologie et en infectiologie. De plus en plus d'arguments penchent en faveur d'une origine naturelle. Voici pourquoi.
Article de l'INSERM paru le 03/06/2020
Certaines spéculations fortement relayées sur les réseaux sociauxréseaux sociaux évoquent la possibilité que le Sars-CoV-2 soit en réalité un virus « chimère » issu de la recombinaison en laboratoire d'un coronavirus dont la chauve-souris serait le réservoir initial et d'un autre virus. Certains avancent même que la chimère aurait été obtenue à partir du VIHVIH, et serait le produit d'une tentative infructueuse pour mettre au point un vaccin. Mais qu'en disent les scientifiques ?
Tout d'abord, il faut bien différencier cette hypothèse d'un virus créé en laboratoire d'une autre théorie avec laquelle elle est souvent confondue : celle d'une éventuelle sélection en laboratoire d'un virus ayant naturellement muté. Cette dernière fera l'objet d'un point de décryptage ultérieur car elle implique des notions scientifiques différentes.
Créer un vaccin : de la théorie…
Il faut savoir qu'il est possible, bien que complexe, de créer un virus chimère à visée vaccinale en laboratoire. Cette technique consiste à insérer à un endroit choisi du génome d'un premier virus (virus A) la séquence génétique codant pour l'antigèneantigène d'un autre virus (virus B) contre lequel on veut fabriquer un vaccinvaccin. Le virus A, appelé « plateforme vaccinale », est en général un virus vivant « atténuéatténué » (son pouvoir pathogènepathogène lui a été retiré) déjà utilisé comme base de vaccin.
En combinant les deux, on obtient ainsi un virus chimère qui, une fois inoculé, permet à la plateforme vaccinale de « présenter » l'antigène du virus B au système immunitairesystème immunitaire. Ce dernier le gardera en mémoire et sera capable de le reconnaître immédiatement si le virus B venait à infecter l'individu par la suite.
Les coronavirus sont des virus difficiles à manipuler en laboratoire. D'abord, ils sont encore mal connus. Mais surtout, ils appartiennent à la catégorie des virus à ARNARN pour laquelle les techniques de manipulation génétique décrites plus haut ne sont pas aussi abouties, et sont plus contraignantes que pour les virus à ADNADN. Le Sars-CoV-2 présente donc en théorie un profil peu adapté à la manipulation génétique, en particulier à but vaccinal.
… À la pratique
À ces arguments théoriques, des arguments d'analyses génétiques et structurelles du Sars-CoV-2 viennent réfuter l'idée d'un virus chimériquechimérique. Dans le cas d'une chimère, pour que l'antigène du virus B s'exprime correctement à la surface du virus A, la séquence provenant du virus B doit avoir une longueur suffisante et être insérée à un endroit précis du génome du virus A. Une telle modification est très facilement détectable à l'aide d'outils permettant de comparer les séquences génomiquesgénomiques entre elles, au sein de banques de données. Les séquences génomiques similaires d'un virus à l'autre ou celles d'un même virus au sein d'une population sont alors mises en évidence.
En admettant que ce type de manipulation génétique a pu être réalisé sur le Sars-CoV-2, des « cicatrices » résiduelles devraient être détectables avec les techniques dont disposent les scientifiques actuellement, d'autant plus si cette manipulation a été faite avec la séquence d'un virus comme le VIH, très différent du Sars-CoV-2. On détecterait alors des régions du génome étranger à des endroits très spécifiques du génome du Sars-CoV-2. Or, le génome du Sars-CoV-2 a été séquencé et comparé à de multiples reprises dans de nombreux laboratoires à travers le monde, au cours des derniers mois.
“Une modification très importante, comme l’insertion d’un pan entier de la séquence d’un autre virus, aurait immédiatement été détectée”
Une modification très importante, comme l'insertion d'un pan entier de la séquence d'un autre virus, aurait immédiatement été détectée par les outils de bio-informatique et n'aurait pas échappé à la communauté scientifique. Il est par ailleurs tout à fait normal et fréquent de trouver de petites homologieshomologies (séquences génétiques similaires) répétées en comparant l'intégralité des génomes de deux ou plusieurs virus.
Ces homologies apparentes résultent le plus souvent du hasard.Les homologies de séquence identifiées entre le génome du Sars-CoV-2 et celui du VIH, en plus d'être également retrouvées chez d'autres virus, sont trop courtes (moins de 20 bases) par rapport à la taille globale du génome du Sars-CoV-2 (30 000 bases) pour être autre chose que le fruit du hasard.
L'hypothèse renforcée d'une provenance naturelle
Des travaux parus dans Nature Communications le 17 mars 2020 montrent une très haute affinité de liaison entre la protéineprotéine Spike, qui donne sa forme de couronne au Sars-CoV-2, et le récepteur ACE2 des cellules humaines qui permet au virus de se fixer pour infecter ces dernières. Selon les auteurs de l'étude, une telle affinité est très probablement le produit de mutations et de la sélection naturellesélection naturelle, et non le résultat d'une manipulation volontaire en laboratoire. Une autre publication plus récente, comparant la structure de la protéine Spike du Sars-CoV-2 avec celle d'un coronavirus de chauve-souris très proche génétiquement, vient renforcer l'hypothèse d'une provenance naturelle du virus.
Enfin, une modification aussi importante qu'une recombinaison aurait fortement réduit le niveau de ressemblance du virus avec les autres coronavirus. Or, le Sars-CoV-2 présente une très forte homologie avec plusieurs coronavirus retrouvés chez les chauves-souris du genre Rhinolophus.
À ce jour, aucun argument scientifique solidesolide ne permet donc d'affirmer que le Sars-CoV-2 serait un virus recombiné. À l'inverse, les publications dans les revues à comité de lecture mettent en avant des arguments de plus en plus nombreux en faveur d'une origine naturelle du virus.
Coronavirus : de nouvelles preuves qu'il est d'origine naturelle
Article de Nathalie Mayer, publié le 17 mai 2020
Le coronavirus baptisé SARS-CoV-2 -- celui qui est responsable de cette maladie que le monde connaît désormais sous le nom de Covid-19 -- a émergé en Chine, il y a plusieurs mois déjà. Mais son origine continue de faire débat. Aujourd'hui, des chercheurs affirment que rien ne permet de supposer qu'il n'est pas d'origine naturelle.
« Depuis la découverte du coronavirus SARS-CoV-2 -- responsable du Covid-19 --, un certain nombre de rumeurs non fondées ont couru, suggérant qu'il aurait été créé en laboratoire, rappelle Weifeng Shi, professeur à l'Institut de biologie des agents pathogènes de la Shandong First Medical University (Chine) dans le communiqué. Il a notamment été mis en avant une caractéristique particulière -- une insertion d'acides aminésacides aminés -- qui pourrait être l'indication d'une manipulation humaine. Mais nos travaux montrent très clairement que ce type d'insertion peut se produire dans la nature ».
Rappelons que depuis la découverte que les chauves-souris étaient le réservoir du SRAS en 2005, les chercheurs se sont beaucoup intéressés à ces animaux de la nuit. Cette fois, l'équipe de Weifeng Shi a analysé 227 échantillons de chauve-souris prélevés dans la province du Yunnan, en Chine, entre mai et octobre 2019. Les chercheurs y ont découvert un nouveau coronavirus de chauve-souris qui partage avec le SARS-CoV-2, 97,2 % de son ARN sur certaines parties de son génome.
Toujours en quête de l’ancêtre du SARS-CoV-2
Or ce coronavirus baptisé RmYN02 présente des insertions d'acides aminés similaires à celles observées sur le coronavirus responsable du Covid-19. Celles que les rumeurs présentaient comme la preuve de sa manipulation dans un laboratoire. Le fait que ces insertions soient similaires mais pas identiques à celles observées sur le SARS-CoV-2 indique qu'elles se sont produites lors d'événements d'insertion indépendants. Et suggère que de tels événements qui semblaient très inhabituels peuvent bien se produire naturellement.
Considérant l'ensemble des génomes, le coronavirus le plus proche du SARS-CoV-2 reste celui que les chercheurs appellent RaTG13. Mais ni lui ni RmYN0 ne sont des ancêtres directs de celui qui nous inquiète aujourd'hui. Les chercheurs estiment toutefois qu'en échantillonnant plus d'espèces sauvages, ils pourraient réussir à trouver un ancêtre du SARS-CoV-2 et comprendre comment il a émergé chez l'Homme.
Le coronavirus est bien d’origine naturelle
Virus échappé d'un laboratoire... BioterrorismeBioterrorisme... Sur InternetInternet, les rumeurs vont bon train. Mais les chercheurs ont analysé le génome du coronavirus responsable de la pandémie de Covid-19. Il est d'origine naturelle.
Article de Nathalie Mayer paru le 22/03/2020
Apparu en Chine, il est aujourd'hui responsable d'une pandémie de Covid-19. Plus de 70 pays sont touchés. Et les théories les plus folles circulent désormais sur Internet quant à son origine. Mais des chercheurs de l'institut de recherche Scripps (États-Unis) l'affirment : le coronavirus SARS-CoV-2 est le produit d'une évolution naturelle.
“Le coronavirus responsable de la pandémie de Covid-19 provient d’un processus naturel”
« Nous avons comparé les données publiques disponibles sur la séquence du génome du SARS-CoV-2 et celles disponibles également pour des souches de coronavirus connues. Nous avons fermement déterminé que le coronavirus, responsable de la pandémie de Covid-19, provient d'un processus naturel », déclare Kristian Andersen, professeur en immunologie et en microbiologie, dans un communiqué de l’institut de recherche Scripps.
Rappelons qu'il existe de nombreux coronavirus. Ils appartiennent à une famille de virus susceptibles de provoquer des maladies plus ou moins graves. L'épidémie de syndrome respiratoire aigu sévèresyndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) que la Chine a connue en 2003 avait déjà été causée par un coronavirus. Tout comme celle de MERS contre laquelle l'Arabie Saoudite a dû lutter en 2012.
Peu de temps après le début de l'épidémie en Chine, les scientifiques chinois ont séquencé le génome du SRAS-CoV-2. Ils ont mis ces données à disposition des chercheurs du monde entier. Les études ont rapidement révélé une transmission interhumaine à partir d'une seule et unique introduction dans la population humaine.
Des caractéristiques qui excluent la manipulation génétique
Les chercheurs de l'institut de recherche Scripps se sont concentrés sur des caractéristiques révélatrices du coronavirus. Des caractéristiques portées par les protéines que les experts appellent les protéines spiculaires. Ils se sont plus exactement intéressés au domaine de liaison aux récepteurs (RBD) - une sorte de grappin qui adhère aux parois des cellules humaines - et au site de clivageclivage - une sorte d'ouvre-boîte moléculaire qui permet au virus de se fissurer.
Selon les chercheurs, les protéines spiculaires du SRAS-CoV-2 sont tellement efficaces pour se lier aux cellules humaines qu'elles ne peuvent résulter que d'une sélection naturelle. Qu'elles ne peuvent pas être le produit du génie génétiquegénie génétique.
Une conclusion étayée par la structure moléculaire générale du SRAS-CoV-2. Son squelette diffère en effet considérablement de ceux des coronavirus déjà connus. Et les chercheurs sont convaincus que, si quelqu'un cherchait à concevoir un nouvel agent pathogène, il le construirait à partir d'une épine dorsale connue pour causer des maladies.
« Les caractéristiques du coronavirus excluent la manipulation en laboratoire comme une origine potentielle pour le SRAS-CoV-2 », insiste Kristian Andersen. De quoi mettre fin à toute spéculation de manipulation de génie génétique délibéré.
