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L'estuaire est l'endroit où un fleuve se jette dans la mer et qui constitue la transition entre le domaine continental et le domaine marin. Selon les critères, est considéré comme un estuaire la zone où les eaux marines salées et l'eau douce marine se mélangent, ou encore la zone où le cours inférieur du fleuve est remonté par la maréemarée. Selon l'importance de la marée, l'estuaire est ainsi plus ou moins profond (c'est-dire qu'il remonte loin dans le fleuve). Par opposition, les fleuves débouchant sur des mers sans marée se terminent en delta (même s'il existe des exceptions).
Hydrodynamique de l’estuaire
L'estuaire se caractérise par la présence d'un bouchon vaseux, formé par l'interaction entre les courants de surface et les frottements induits par les courants de fond, qui charrient des sédiments. Cette zone de turbiditéturbidité maximale, qui monte ou descend au cours des marées, contient jusqu'à 300 g de sédiments par litre, ce qui donne souvent un aspect trouble à l'eau.
Les estuaires sont fréquemment aménagés, avec des zones portuaires, des espaces récréatifs, des canaux, des structure d'endiguement ou des industries. Ces aménagements modifient substantiellement le comportement hydrodynamique de l'estuaire, et amènent des polluants dans le bouchon vaseux, où ils restent bloqués. C'est le cas par exemple dans l'estuaire de la Loire, ou l'accumulation de matièrematière organique issue du lessivage des sols en amont entraîne une eutrophisationeutrophisation du fleuve.
Le plus grand estuaire du monde est celui du golfe de Saint-Laurent, au Canada, qui couvre 200.000 km2. La France possède trois grands estuaires : la Gironde (625 km2), la Loire (60 km2) et la Seine (50 km2).
