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La présence dans un grand nombre de sites du Néolithique (âge de la pierre polie) de crânescrânes présentant des trous délibérément ouverts conduit à penser qu'un rôle dans les fonctions supérieures a pu être attribué au cerveaucerveau, bien avant les grandes civilisations.
Crâne trépané (environ 3500 avant J.-C.) d’une fillette ayant survécu à l’opération, comme en atteste la légère pousse de l’os en bordure du trou (musée d’histoire naturelle de Lausanne). © Rama, Wikimedia commons, CC by-sa 3.0 FR
L'acte de percer un trou dans un crâne humain par découpage ou forage, appelé trépanationtrépanation, était autrefois commun. Les motivations d'une telle pratique demeurent mystérieuses : utilisation du morceau d'os enlevé comme amulette éloignant les esprits maléfiques, traitement des maux de tête sévères ou de l'épilepsieépilepsie, ou voie de sortie des « mauvais esprits » de la tête ? Il n'est également pas établi si les opérés étaient anesthésiés, avec des feuilles de coca ou de l'alcool, ou non. Dans une sépulturesépulture française de 6500 avant J.-C., environ un tiers des 120 crânes préhistoriques trouvés présentent des orifices de trépanation. Beaucoup d'exemples de crânes trépanés montrent une cicatrisationcicatrisation de l'os en bordure du trou, ce qui suggère que les individus aient survécu à ce traitement atroce. Durant le Moyen Âge et au-delà, on pratiqua la trépanation pour tenter de soulager les attaques cérébrales et améliorer les fractures du crâne.
La trépanation a été pratiquée dans le monde entier, en Afrique, dans la Mésoamérique précolombienne et dans de nombreuses parties de l'Europe. Plus de 10.000 crânes trépanés ont été déterrés dans le seul Pérou. Les trous sur les crânes européens ont des tailles allant de quelques centimètres de diamètre à presque la moitié du crâne. Albucasis, l'un des plus grands chirurgiens musulmans du Moyen Âge, utilisait un trépantrépan pour cette opération, qu'il considérait comme sans risque et pouvant être réalisée par « l'opérateur le plus ignorant et le plus peureux des hommes ». Toutefois, si la dure-mèredure-mère (membrane externe du cerveau) devient noire, « vous devez savoir que [le patient] est condamné ».
Ces dernières années, un certain nombre d'originaux ont pratiqué des autotrépanations, pensant que cette pratique faciliterait leur quête spirituelle.
