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Les polymyxines (colistine et polymyxine B) sont des antibiotiques de « dernier recours », utilisés lors d'infections bactériennes à Gram négatif. La colistine sert aussi dans l'agricultureagriculture et comme produit vétérinairevétérinaire, en Chine mais également en Europe. Or les polymyxines représentaient une dernière classe d'antibiotiques dans laquelle la résistancerésistance était incapable de se propager de cellule à cellule car, jusqu'à présent, la résistance à la colistine provenait de mutations chromosomiques.
Une nouvelle recherche parue dans The Lancet Infectious Diseases décrit cependant la présence d'un gène de résistance aux polymyxines (mcr-1) dans des entérobactéries de cochons et d'humains. MCR-1 est une enzymeenzyme de la famille des phosphoéthanolamine transférases. Elle permet l'addition de phosphoéthanolamine au lipide A, présent dans la paroi de la bactérie et sur lequel se fixe la polymyxine B.
En effectuant des tests de routine sur des animaux, les chercheurs ont isolé une souche d'E. coliE. coli (SHP45) provenant d'un cochon d'élevage à Shanghai, qui avait une résistance à la colistine pouvant être transférée à une autre souche. Les chercheurs ont donc récolté d'autres échantillons bactériens dans d'autres provinces chinoises, mais aussi dans des cochons et des poulets du commerce entre 2011 et 2014. Ils ont alors trouvé une fréquence importante du gène mcr-1 chez les bactéries E. coli provenant d'animaux (166 sur 804 échantillons) et dans la viande crue (78 sur 528 échantillons). Preuve de la propagation du gène, la proportion des échantillons positifs augmentait d'année en année.
Les polymyxines sont des antibiotiques utilisés en médecine vétérinaire. Leur utilisation a favorisé l’émergence de résistances dans des élevages de cochons en Chine. © Jessica Kennedy, Flickr, CC by-nc-nd 2.0
Le gène de résistance à la colistine présent sur un plasmide
Les chercheurs ont aussi analysé des échantillons de patients qui avaient été admis à l'hôpital pour des infections, dans les provinces de Guangdong et de Zhejiang. Mcr-1 était présent dans 16 isolats d'E. coli et de Klebsiella pneumoniaeKlebsiella pneumoniae provenant de 1.322 patients hospitalisés. « En raison de la proportion relativement faible d'échantillons positifs prélevés chez l'Homme par rapport aux animaux, il est probable que la résistance à la colistine médiée par MCR-1 provenait d'animaux et s'est ensuite transmise aux humains », a expliqué le professeur Jianzhong Shen de l'université agricole de Chine, à Pékin. « La pressionpression sélective imposée par l'utilisation de plus en plus lourde de la colistine dans l'agriculture en Chine aurait pu conduire à l'acquisition de MCR-1 par E. coli. »
Le gène mcr-1 était présent sur des plasmides, c'est-à-dire des ADNADN mobilesmobiles qui peuvent facilement être copiés et transférés d'une bactérie à une autre : ce gène a donc le potentiel pour se propager dans différentes populations bactériennes courantes, dont des bactéries pathogènes, comme K. pneumoniae ou P. aeruginosa, responsables de pneumoniespneumonies ou d'infections du sang (septicémiesepticémie). C'est pourquoi ces résultats sont particulièrement préoccupants.
D'après les auteurs, il est urgent de réévaluer l'utilisation des polymyxines chez les animaux. Le ministère de l'Agriculture chinois a réagi rapidement en lançant une évaluation des risques sur l'utilisation de la colistine dans les additifs pour l'alimentation animale. Mais le problème pourrait bien s'avérer plus large à l'échelle de la planète.
