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Les bactéries intestinales, parmi lesquelles la célèbre Escherichia coli, pourraient être un paramètre déterminant dans la propension à l'obésité. Une plus grande diversité est à privilégier, et une alimenataion riche en fibre peut y contribuer. © Janice Haney Carr, CDC
L'épidémie d’obésité touchait environ 400 millions d'individus adultes en 2005, elle concernera plus de 700 millions de personnes en 2015 et continuera d'augmenter. Les causes sont en partie environnementales (vie sédentaire, nourriture riche en énergieénergie et facile à se procurer,...) et en partie génétiques.
Mais l'obésité liée à des mutations génétiques humaines semble représenter une minorité de cas. De plus en plus de données indiquent que des variations dans notre « autre génome », le microbiome, c'est-à-dire le génome global de tous les microorganismesmicroorganismes de notre corps, peuvent avoir plus de conséquences sur le développement de l'obésité que des variations dans le génome humain.
Une première étude, publiée dans Nature et menée par le consortium international MetaHIT, a porté sur une cohorte de 292 adultes danois comprenant 123 personnes non-obèses et 169 obèses. Les chercheurs ont analysé le génome bactérien intestinal de ces individus grâce à une nouvelle technique appelée métagénomiquemétagénomique quantitative.
Moins de bactéries intestinales, plus de risques d’obésité
D'après les résultats, il ressort que deux groupes d'individus se distinguent selon le nombre de gènesgènes microbiens différents de leur microbiotemicrobiote, ce qui correspond à la richesse des bactéries qu'ils portent et l'abondance de certaines espècesespèces bactériennes intestinales.
Un quart des individus de la cohorte sont « pauvres » en espèces bactériennes, tandis que les trois-quarts possèdent une flore intestinale « riche » en bactériesbactéries (c'est-à-dire plus diversifiée). C'est la première fois qu'une telle distinction est mise en évidence dans la population. Par ailleurs, cette distinction n'est pas dépendante de la corpulence des individus car on retrouve des maigres et des obèses dans les deux groupes, même si le groupe déficitaire en bactéries comprend plus d'obèses (80 %).
Des espèces bactériennes qui préservent de l’obésité
En comparant ces deux groupes, les chercheurs ont découvert que les personnes pauvres en bactéries intestinales ont un risque plus important que les personnes riches en bactéries de développer des complications liées à l'obésité : diabète de type 2, problèmes lipidiques, hépatiques, cardiovasculaires et peut-être certains cancerscancers... Ces individus ont notamment tendance à développer une inflammationinflammation chronique.
Les chercheurs ont également observé que les personnes obèses du groupe déficitaire en espèces bactériennes prennent plus de poids dans le temps que les individus non obèses. Chez ces individus pauvres en bactéries, 8 espèces de microbes spécifiques étaient en faible abondance, voire manquantes. Celles-ci pourraient avoir un rôle protecteur contre la prise de poids. Cette découverte pourrait, à terme, conduire au développement de nouveaux probiotiquesprobiotiques permettant de lutter contre l'obésité.
Depuis quelques années, l'obésité est devenu un problème sanitaire mondial plus inquiétant que la malnutrition. © Colros, Flickr, cc by sa 2.0
Un test pour déterminer les individus à risque
La seconde étude, menée par le consortium français MicroObes et publiée dans la même édition de la revue Nature, portant sur une cohorte de 49 adultes français obèses ou en surpoidssurpoids, confirme les résultats de la première étude. Les communautés bactériennes pauvres et riches dans les deux populations françaises et danoises sont similaires.
De plus, en se basant sur seulement 6 espèces bactériennes particulièrement représentatives de ces communautés, il est possible de distinguer les communautés riches de celles pauvres en bactéries avec une précision de 95 %. Ces résultats pourraient conduire à l'élaboration d'une méthode simple pour déterminer quel type de communauté microbienne intestinale un individu porteporte.
L'étude des patients français a de plus porté sur l'impact d'un régime riche en protéineprotéine et en fibres, et pauvre en calories, sur la diversité génétique du microbiote intestinal. Ce régime a conduit, après 6 semaines, non seulement à l'amélioration attendue des caractéristiques cliniques des individus étudiés (perte de poids et modifications des paramètres métaboliques), mais aussi à une augmentation de la richesse des communautés bactériennes intestinales initialement pauvres.
Vers la mise en place d'une médecine personnalisée contre l’obésité
Les chercheurs ont ainsi pu corréler l'augmentation de la richesse bactérienne avec la réduction du poids et du tissu graisseux, ainsi qu'avec une amélioration de paramètres métaboliques (taux de triglycéride ou cholestérolcholestérol) ou inflammatoires. La voie est ouverte non seulement au diagnosticdiagnostic des individus à risque mais également à l'intervention par des recommandations nutritionnelles.
Cependant, l’inflammation chronique n'a pu être corrigée par le régime chez les individus pauvres en espèces bactériennes aussi efficacement que chez les individus riches. Ce problème ne pourra être résolu qu'en mettant en œuvre d'autres interventions, peut-être de type médicamenteuses, facilitées par la distinction des individus en fonction de la composition de leur microbiote intestinal.
L'ensemble des signes cliniques liés à l'obésité pourraient être corrigés, ou encore mieux prévenus, par la détection précoce de l'altération du microbiote et grâce à des recommandations nutritionnelles adaptées. Une telle voie, esquissée par ces deux études, pourrait conduire à une médecine préventive des maladies chroniques, alternative à la médecine curative dont le poids sur les sociétés industrialisées devient financièrement difficile à soutenir. C'est dans cette perspective que travaillent actuellement les chercheurs du programme européen Metacardis (Metagenomics in Cardiometabolic Diseases), débuté en 2012 et soutenu par l'Europe pour une duréedurée de 5 ans.
