au sommaire
Dans notre génome, certains gènes codent pour des protéines mais ceux-ci n'en représentent que 1 à 2 %. Il existe aussi un génome non codant qui est, quant à lui, moins bien connu tout comme le rôle qu'il pourrait avoir dans les maladies. Dans celui-ci, non codant, se trouvent de petits ARN non codants (ou petits ARNnc) et de longs ARNnc. Une équipe de recherche de l'université du Michigan s'est intéressée aux longs ARNnc car de plus en plus de preuves suggèrent qu'ils pourraient jouer un rôle dans le cancer.
Les chercheurs ont rassemblé 25 études indépendantes totalisant 7.256 échantillons de séquences ARN de tumeurs, de tissus normaux et de lignées cellulaires, provenant de sources publiques (le projet CancerCancer Genome Atlas et les archives du Michigan Center for Translational Pathology, dont Arul Chinnaiyan, l'auteur de l'étude, est aussi le directeur).
Leurs résultats paraissent en ligne dans la revue Nature Genetics. Ces données, regroupées dans le compendium MiTranscriptome, sont disponibles sur InternetInternet afin que la communauté scientifique puisse librement y accéder.
Coupe histologique de cancer de la prostate, avec des tissus dédifférenciés. Certains longs ARN non codants semblent spécifiques de cellules du cancer de la prostate. © Otis Brawley, NIH, DP
Des ARN non codants spécifiques de certains cancers
L'ensemble des séquences assemblées représentait plus de 43 Tb (téra paires de bases, soit 43.1012 paires de base). Le transcriptometranscriptome obtenu comptait environ 91.000 gènes -- pour rappel, le génome humain compte environ 25.000 gènes codant pour des protéines. Environ les deux tiers de ces gènes du transcriptome, soit plus de 58.000 gènes, correspondaient à de longs ARNnc. Certains provenaient de tissus normaux et d'autres de cancers.
Ces longs ARN non codants pourraient aider au développement de nouveaux biomarqueurs, car certains semblent spécifiques du cancer : « C'est ce qui fait que les longs ARNnc sont une cible très prometteuse pour développer des biomarqueurs », explique Arul Chinnaiyan. D'après lui, les chercheurs ont ainsi ouvert la boîte de Pandore des longs ARNnc. Il resterait des milliers d'ARN à examiner pour tester leur potentiel de biomarqueur.
Par exemple, les scientifiques ont identifié un long ARNnc, SChLAP1, qui pourrait être un biomarqueur potentiel pour le cancer de la prostate agressif. Cet ARN était plus exprimé dans le cancer de la prostatecancer de la prostate métastatiquemétastatique qu'au stade précoce de la maladie. Il était trouvé dans les cellules du cancer de la prostate et non dans des cellules normales ou d'autres cellules cancéreuses.
