Les bactéries de notre tube digestif seraient le reflet de nos habitudes alimentaires : avec un régime steak-frites et bonbons, pas étonnant que les petits Européens aient une flore intestinale qui laisse à désirer.

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    Notre tube digestif est tapissé de bactéries, très utiles à notre bien-être digestif puisqu'elles nous procurent les enzymesenzymes nécessaires à la digestion de certains aliments. De plus, elles évitent que d'autres microorganismesmicroorganismes mal intentionnés colonisent le tube digestif et nous rendent malades. La majorité d'entre elles sont apportées à la naissance par la mère puis par l'environnement et la nourriture. Tout au long de la vie, les populations d'entérobactéries peuvent donc évoluer.

    Des scientifiques ont posé l'hypothèse que nos modes de vie et d'alimentation, trop hygiéniques et aseptisés, privent nos intestins des bonnes bactéries et conduisent à des maladies en pleine expansion dans les pays occidentaux : allergies, inflammation de l'intestin ou réactions auto-immunes. Afin de mieux comprendre les relations hôte-bactérie, des recherches sont entamées depuis quelques années. De précédents travaux ont d'ailleurs montré l'importance des virus des entérobactéries.

    Des chercheurs de l'Université de Florence en Italie se sont maintenant intéressés à la comparaison des entérobactéries d'enfants européens (d'Italie) et d'enfants des régions rurales du Burkina Faso. Les enfants africains se nourrissent de manière proche de celle des hommes d'il y a 10.000 ans, aux débuts de l'agricultureagriculture. La nourriture est riche en fibres, en céréalescéréales et en protéinesprotéines d'origine végétale. Les enfants européens, quant à eux, mangent beaucoup de viande, de sucresucre et de gras, mais très peu de fibres. Quelles conséquences pour leur flore intestinaleflore intestinale ?

    Les bactéries présentes dans les selles de 15 enfants de chaque groupe, âgés de 1 à 6 ans, ont été analysées par séquençageséquençage de l'ADNADN. Les bactéries ont été identifiées grâce à l'ARNARN dit 16S, caractéristique de chaque espèceespèce bactérienne. Les résultats ont été publiés dans le journal PNAS.

    Les bactéries des enfants burkinabés (BF) sont composées de plus de <em>Bactéroidètes</em> que de <em>Firmicutes</em>. Chez les enfants européens (EU), c'est l'inverse. © <em>PNAS</em>

    Les bactéries des enfants burkinabés (BF) sont composées de plus de Bactéroidètes que de Firmicutes. Chez les enfants européens (EU), c'est l'inverse. © PNAS

    Les enfants burkinabés peuvent digérer la cellulose

    Les enfants nourris par allaitementallaitement possèdent globalement les mêmes bactéries dans les deux groupes, probablement parce qu'ils mangent la même nourriture. A l'âge où les enfants commencent à manger la nourriture typique de leur pays, les populations entérobactériennes varient fortement entre les deux groupes.

    D'abord, la diversité bactérienne est bien plus grande chez les Africains. De plus, les proportions des Bacteroidètes et des FirmicutesFirmicutes, deux types d'entérobactéries, sont inversées. Les premières sont abondantes chez les jeunes Africains alors que ce sont les secondes qui prédominent dans les selles des Européens. Les Firmicutes sont aussi connues pour être retrouvées en abondance chez les sujets obèses, sans qu'un lien de cause à effet ne soit jusqu'à présent clairement établi.

    Alors que les enfants burkinabés contiennent des bactéries du genre Prevotella et Xylanibacter, possédant des gènesgènes capables de digérer la cellulosecellulose et le xylane (des composants fibreuxfibreux des végétaux), les enfants européens en sont totalement dépourvus.

    Il paraît donc clair que les habitudes alimentaires créent et maintiennent les populations bactériennes du tube digestif. Celle des enfants africains est parfaitement adaptée à leur nourriture, leur permettant de puiser l'énergieénergie dans les fibres qui constituent le gros de leur alimentation. Ils seraient également davantage prémunis contre les inflammations ou les infections que leurs homologues italiens. La grande diversité de leur flore intestinale, certainement due à un environnement varié en bactéries et à un régime riche en fibres, leur permet aussi de s'adapter plus facilement à un régime diversifié.

    Les médecins, qui ont jusque-là eu tendance à sous-estimer l'importance des bactéries intestinales, pensent maintenant mettre au point des pilules probiotiques permettant d'enrichir la flore intestinale des patients. Les conséquences pourraient aller d'un simple confort digestif à une amélioration des troubles chroniques de l'intestin.